DNA序列拼接的分布式并行处理.pdfVIP

下载本文档

6
0
约 6页
2015-08-13 发布于重庆
举报
版权申诉

DNA序列拼接的分布式并行处理.pdf

1、本文档共6页，可阅读全部内容。
2、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。
3、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击这里二次下载。
4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
5、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
6、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
7、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
8、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次，网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档

DNA序列拼接的分布式并行处理.pdf

CN43—1258／TP 计算机工程与科学 2005年第27卷第2期 ISSN1007—130X COMPUTERENGINEERINGSCI￡NCEV01．27，No．2，2005 文章编号：1007-130X(2005)02-0071-03 DNA序列拼接的分布式并行处理。 ADistributedParallel forDNA Algorithm SeUenceuencese 厂厂 e}lbmlessA 方小永。骆志刚 FANG Zhi-gang Xiao-yong。LUO (并行与分布处理国家重点实验室，湖南长沙410073) Parallel for andDistHbuted (NationalLaboratory Processing-Changsha410073，China) 效的。 novel forDNA underthedistributedenvironmentis Abstract：Aparallelalgorithmsequenceassembly memory and and ofthe inthis serial forOVERLAP，LAYoUTCONSENSUS paper．Theprocessingprocedureparallelalgorithm DNA aredescribed ofthe is showthat sequenceassembly respectively．Thecomplexityalgorithm ‘ this isof algorithmhighefficiency．关键词：生物信息；序列拼接；并行处理；分布式 Keywords：bioinformatics；sequenceassembIy；parallelalgorithm；distributedmemory 中图分类号：Q811．4 文献标识码：A 和Ⅱ几ER[引。此外，还有其它一些各有特点的拼接算法， 1 引言基因组计划的目标是获得所研究的生物的全基因组序销上都非常巨大。例如，PHRAP在对规模为100000条列，而序列拼接是基因组测序阶段生物信息学研究的最基 read的螺旋藻序列进行拼接时，所需要的内存空间将达到 517．259 本、最重要的问题。众所周知，生物的基因组是指该生物所 6G，在曙光3000上耗时86 2秒，约合24小时[5]。有遗传物质的总和，绝大部分基因组由DNA(脱氧核糖核因而，DNA序列拼接并行处理的研究有着理论和现实的重酸)组成。DNA是由核苷酸单体构成的线性、无分支的多聚分子。核苷酸由碱基区分，DNA中，碱基分别是腺嘌呤 spsoftcorn)，国内中科院计算所智能信息处理实验室在曙 (Adenine)、胞嘧啶(Cytosine)、鸟嘌呤(Guanine)和胸腺嘧光3