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分子系统学的发展及其现状 唐伯平　周开亚　宋大祥 (南京师范大学生物多样性与分子进化实验室 210097) 　　摘要　分子系统学在生物学研究中的地位日益显得重要。本文概述了分子系统学的 形成以及常用的研究方法。介绍了该学科的应用和研究中存在的一些争议。 　　关键词　分子系统学　系统发生　系统学 1　分子系统学的形成 使系统发生学取得了长足的进步, 同时蛋白质 几个世纪以来, 博物学家和生物学家一直 和核酸分子结构检测方法得到迅猛发展, 并且 都在对生物多样性进化描述和解释。这种工程 这些方法很快被进化学家所接受的采用, 这样 及其结果便是生物系统学( system atics) 。生物 就产生了一门新的学科——分子系统学。分子 系统学是研究生物多样性以及它们中间的任何 系统学是用分子生物学的技术和方法来研究生 一个类群和其他类群的各种关系的科学。系统 物多样性, 以及它们之间相互关系的科学。它主 学的研究是建立在分类学基础之上的, 而对生 要包括两大领域, 即种群遗传学(popu lation 物进行分类是人类认识生物世界的第一步。 genetics) 和系统发生学 (phylogenetics) , 前者 3000 年前我国的甲骨文已有了许多动植物的 主要研究种内分化, 后者主要研究物种多样性 名称, 公元前 4 世纪的亚里士多德对动植物的 及种间系统发生。 记述, 16 世纪李时珍的《本草纲目》等等都是人 2　分子系统学常用的研究方法及其应用 类对生物分类的初步总结。 18 世纪林奈(L in 2. 1　分子系统学常用的研究方法　分子系统 naeu s, 1758) 双名法的建立为对生物多样性描 学的研究首先是通过现代分子生物学技术, 获 述和分类奠定了基础, 由于林奈这一系统的严 得物种特定遗传标记的大量数据, 然后把这些 谨性、科学性而很快得到公认, 并被进化学家拉 数据进行相关的数学分析而对研究结果进行解 马克、达尔文、海克尔(H aeckel) 所采用。 1860 释和说明。目前常用的核酸分析方法有DNA 年海克尔提出了系统发生(phylogeny ) 这一概 杂交、串联重复序列数目变异、单链构象多态 念。研究系统发生的主要任务是探讨物种之间 性、变性梯度凝胶电泳、限制性片段长度多态 的历史渊源以及物种之间的亲缘关系。但早期 性、随机扩增多态性DNA 、测序和克隆。蛋白质 建立起来的生物系统发生史很少有客观标准。 分析技术中常用的方法有: 免疫学技术, 同工酶 这样直到本世纪上半叶人们关注的焦点仍然是 电泳、蛋白质电泳、氨基酸分析等。染色体分析 物种、物种形成和地理变异而不是生物发生。 中常用的方法有: 核型分析、带型分析、荧光原 ( ) 出版的《进化论的现 1942 年赫胥里 . 位杂交、染色体原位隐藏杂交、引物原位标记、 J H ux ley ( ) 代综合》中仍未出现系统发生这个词。后来德国 多 探针 引物原位标记等, 在上述方法中主要 植物学家齐默尔曼 ( . ) 建立了 以核酸分析为主。特别是近几年测序技术的推 W Zimm erm ann 顶枝学说(telom e