采用细胞神经网络快速校正生物芯片图像倾斜.pdfVIP

第35卷第 11期 光电工程 Vo1．35．No．11 2008年 11月 Opto—ElectronicEngineering NOV,2008 文章编号：1003—501X(2008)1卜0033—05 采用细胞神经网络快速校正生物_1．1．2+,~万LJ_图像倾斜 律睿憨 ，王淑蓉 ，罗正全 ，唐小萍 ，严 伟 (1．中国科学院光电技术研究所，成都 610209； 2．中国科学院研究生院，北京 100039) 摘要：倾斜校正是全 自动生物芯片图像处理必不可少的环节。针对以往倾斜校正算法耗时过长，本文提出一种快 速倾斜校正算法。算法首先用细胞神经网络(cNN)寻求各个样点的中心，然后进行Hough变换，再计算方差来寻 求倾斜角，最后利用 CNN灰度 图像旋转模板进行倾斜校正。本算法利用了细胞神经网络并行处理的特性，并充 分考虑了生物芯片图像的特点。理论分析与试验结果显示本文算法能够准确高速地完成倾斜校正。 关键词：生物芯片；微阵列；倾斜校正；细胞神经网络；霍夫变换 中图分类号：R857．3，TN29 文献标志码：A FastSkew CorrectionforM icroarrayImage BasedonCellularNeuralNetworks L0Rui．min’-，WANGShu．rong，LUOZheng．quan，TANGXia0．ping，YANWei (1．InstituteofOpticsandElectronics，ChineseAcademyofSciences，Chengdu610209，China； 2．GraduateSchoolofChineseAcademyofSciences，Bejiing100039，China) Abstract：Skew correction algorithm isindispensablein fully automated microarray imageprocessing．Sincemost previousimageskew correctionalgorithmsformicroarrayweretime—consuming，afastskew correctionalgorithm was proposedbasedonCellularNeuralNetworks(CNN)．Thefirststepwastoobtainthecenterpointsofallspotsbyapplying aseriesofCNN templates．Th e second stepwasto findouttheskew anglebyperformingHough transfomr and calculatingdeviation．Thefinalstepwasto correctskew byCNN grey-scaleimagerotationtemplate．Ouralgoritmh utilizedtheparallelprocessingattributesofCNN andthecharacteristicsofmicroarrayimage．Experimentresultsand theoreticalanalysisshow thatthealgorithmworksaccuratelyandfast． Keywords：biochip；microarray；skew correction；cellularneuralnetworks；Houghrtansform 1 引 言 图像倾斜是生物芯片样点图像的一种很常见的缺陷。一般情况下，倾斜角度都不大，但是由于芯片上 包含数量巨大的微小样点，很小的倾斜都可能造成后续算法无法精确定位各个样点。为此一些学者提出了 自动倾斜校正算法㈣ ，这些办法能够准确地搜寻