PCR-DGGE技术在水产养殖中的应用.pdfVIP

130 广东农业科学 2011年第 2期 PCR—DGGE技术在水产养殖中的应用 毕香梅 ，郁二蒙 ，谢 骏 ，王广军 ，余德光。 (1．上海海洋大学水产与生命学 院，上海 201306； 2．中国水产科学研究院珠江水产研 究所 ，广东 广州 510380) 摘 要 ：介绍了变性梯度凝胶 电泳 (Denaturinggradientgelelectrophoresis，DGGE)：~ 的原理 、优点和应用程序 ，概述 了PCR- DGGE技术在底泥微生态 、水环境微生态 、水产动物肠道微生态和水产养殖系统微生态 的应用现状和应用前景 。 关键词 ：PCR—DGGE：水产养殖 ；微生态 中图分类号：$931．3 文献标识码 ：A 文章编号 ：1004—874X(2011)02—0130—04 1979年 Fischer和 Lerman首先提 了PCR—DGGE技 离培养 。Muyzer等同用 DGGE能检测出数量仅 占总群落数 术．并将其用于医学上基因点突变的检测 1【1。与传统的琼 1％的微生物．Omar等4[1证实PCR—DGGE技术能检测大约 脂糖凝胶 电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳相 比，该技术可以分 1％～3％的微 生物 ，理论上只有一个碱基的差异也可 以检 辨 只有一个碱基差异 的基 因序列 。PCR—DGGE技术 自 测 出来。1～5ng的DNA或 RNA上样量 即可达到清晰的 1993年被引入微生物生态学领域以来 ，在研究微生物多 电泳分离效果。此外 ，还可 以将凝胶上的条带切割下来测 样性和种群差异上 已成为一种重要T具 ，避免了传统微生 序 ，然后与GenBank中的标准序列进行比较得出其遗传 物研究方法的局限性 。近年来 ，PCR—DGGE 技术 已被广泛 相关性 应用于土壤 、活性污泥 、植物根系、动物 胃肠道 、热泉 、湖泊 2PCR—DGGE在沉积物微生物研究中的应用 等环境微生物生态学研究 ，本文主要介绍 了PCR—DGGE 技术在水生态微生物中的应用 。 目前采用 PCR—DGGE方法分析土壤或活性污泥 中 微生物多样性均有报道_s_。随着 DNA在土壤 、海洋沉积 PCR—DGGE技术及其优点 物等研究中的成功应用 ．对湖泊沉积物中的DNA的提 使用具有化学变性剂尿素和 甲酰胺梯度 的聚丙烯酞 取 、识别和利用 的研究也逐渐 引起 了人们 的关注 ，并在 胺凝胶 ．有区别地解链扩增产物 。解链时长度相 同而序列 此基础上对微生物群落结构多样性 的研究也取得一定 不同的片段就会在各 自相应的变性剂浓度下变性 、空 间构 成 效 [10-14]。 型变化 、电泳速度下降、停 留在各 自相应 的变性剂梯度位 陈桐生等 [151研究 了除臭生物滤池 中不 同空间层次 置 ．形成一个凝胶带 图案 ．该图案是微生物群落 中主要种 的微生物种群 的基 因多样性 ．以及 富集前后 的微生物 类的一个轮廓 ，每条带代表一个特定的序列，条带的数 目 种群结构动态变化 ，发现滤池不 同层次上呈现 出明显 和丰度表示群落结构和多样性 。这样可直接观察环境微 的空间、时间和不同培养基多样性差异 。Nicot】用 neste— 生物多态性及动态变化 ．并可通过对切下的条带进行克隆 DGGE分析了污水处理厂的活性污泥微生物群落状况。 序列分析或与特异性探针杂交分析鉴定群落成员 ，对特殊