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关于在分子生物化学与工程领域里若干理论问题的研究(V) ——被认为“经典”的内聚能密度理论对Watson’s Table的揭秘 金日光 赵军 张腾 蔡晴 牟雪雁 （北京化工大学生命动力研究中心，教育部可控化学反应重点实验室，北京 100029 ） 引言 上世纪60年代James Watson从大量的实验事实出发，提出了将20种氨基酸分成 四大类，并分别与密码子中心的四种碱基之间匹配的规律表（Watson’s Table ），许 多科学家都认为该表的生物学意义可与元素周期表在化学上的意义相媲美。然而， 这一发现被认为是经验规律，需要进行理论上的验证。 为了从理论上证实氨基酸和碱基之间的匹配规律，以及解释密码子对氨基酸的 选择性，很多人都试图用量子化学的计算方法来定量表征氨基酸与密码子之间的相 [1-3] [2] [3] 互作用 。其中，R.Rein 和M.S.Rendell 等在1970年根据量子化学微扰理论推导 出来的近似方法，首先计算了甘氨酸与碱基的相互作用，并以此作为相互作用的自 然模型来预测带有极性侧链的氨基酸，如赖氨酸、谷氨酸、天冬氨酸和精氨酸与碱 基之间的相互作用。计算结果表明，静电相互作用能对总的相互作用能的贡献最大， 相互作用能主要是由高荷电的基团如氨基和羟基支配的。但是，此模型并不能解释 丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和苯丙氨酸等带非极性侧链的氨基酸和碱基之间的相互作 用。时至今日,仍未有理想的模型可全面地解释Watson’s规律。 上世纪50年代，在高分子化学界如何预测共聚反应的竞聚率大小是一个很难解 决的问题，作者作为量子化学工作者，试图用量子化学计算的方法解决这个问题， 但因为都涉及到分子间距离对竞聚率的大小的决定性作用，所以量子化学计算方法 很难从分子结构水平上预测不同单体间共聚反应竞聚率。可是后来从多方面考虑发 现共聚反应的竞聚率（r 和r ）的大小主要与单体内聚能密度（e 、e ）有密切关系 1 2 1 2 [4-7] ，由此自然想到，由二十种氨基酸通过共聚反应所得到的共聚物的序列方式也应 与不同氨基酸的内聚能密度有关，本文就针对这一问题进行了研究。通过计算，果 然得到了意料之中的结果，作者成功地发现了t-RNA 的反密码子的四种中心碱基和 四类氨基酸内聚能密度有密切的关系。 1 内聚能密度的新奇性 上世纪70年代，Van Krevlen等人提出了内聚能密度概念及其计算方法，用来判 断不同分子间相容性。由于还有其它判断方法，所以内聚能密度概念未能得到更大 的其它方面的应用，人们开始忽视，甚至把它看成是落后的、过时的概念。作者认 为这是极大的误解。事实上，内聚能密度的概念隐含着极大的生命力，要比量子化 学计算优越许多倍，这是因为这一概念避开了分子间作用力与距离 r5~6 成反比的难 [3] 题 。 众所周知，非共价键力包括生物体各分子间普遍存在的色散、极性、氢键三大 作用力，它是了解大分子的结构和相互作用的基础，而这些结构和相互作用是通过 这三大作用的内聚能密度大小来决定的。根据Van Krevlen提出的计算内聚能密度方 式[8，9] ，可以分别得到色散力、极性力和氢键力相关的内聚能密度的计算公式（式 1-3）： 色散内聚能密度：  Ed   ∑Fd  2 ed     (1)  V   V    极性内聚能密度：  Ep   ∑Fp  2 ep    2  (2)  V  