DNA杂交测序算法研究进展.pdfVIP

科技情报开发与经济 SCI—TECHINFORMATIONDEVELOPMENT＆ECONOMY2010年第20卷第12期 文章编号：1005-6033(2010)12—0132-04 收稿日期：2010-03-08 DNA杂交测序算法研究进展 靳素娟，袁倩倩 (太原理T大学计算机与软件学院，山两太原，030024) 摘要：DNA杂交测序是计算生物学的核心问题之一，其研究目标是在杂交实验的基 础上重构DNA序列，已证明带有错误的杂交测序属于强NP一难问题。随着组合优化的 研究，精确算法和启发式搜索算法，尤其是后者，被用于求解此类问题。目前，许多文献 已提出了重构算法，但现有算法在解决实际问题时仍存在缺陷。综述了国内外已提出 的重构算法，在此基础上进行了比较，分析了存在的主要问题，指出了当前新的研究热 点。对未来的研究与发展趋势进行了展望。 关键词：杂交测序；精确算法；启发式搜索算法 中图分类号：Q32 文献标识码：A DNA测序是计算生物学的一个重要研究领域，是了解基因 Hamihonian路径或Eulefian路径均是强NP一难问题。 结构和功能的基础。人类基闪组计划的肩动推进了计算生物学 l基本问题描述 的飞速发展。2008年7月2日美国能源部联合基因组研究所(U． of Genome Joint Institute．简称DOEJGI)宣 S．DepartmentEnergy 标准测序DNA芯片上．探针的长度相同且固定。若探针的 称其群体测序项目(CommunitySequencingProgram．简称csP)将周定长度为l，那么芯片上有41个不同的探针。日标DNA片断 在2009年支持DNA测序计埘【“。上述表明，生物基因组序列的 的长度标记为为n(可由凝胶电泳方法得到)，每个f长度的子片 241 快速测序一直是一种迫切的需求。自从19世纪80年代Bain4 断标记为／-tuple，检测出的／-tuple的全体即谱集．记为S。 等人提出杂交测序(SequencingbyHybridization。简称SBH)思想谱集中如果某一元素的k位后缀与某一元素的k位前缀一 以来．杂交测序因其高效性逐渐成为测序工作中使用最频繁的 致，则将这两个元素复合拼接在一起．把所有谱集元素复合拼接 方法。 成一条DNA序列，这就是DNA序列的重构。 SBH方法分两个阶段：基于DNA芯片的杂交实验和序列的 [定义]：含有谱集中不同／-tuple的个数最多的一条序列就 重构。DNA芯片表面上排列着核酸探针，即人工合成的短的碱基 称为该目标序列的重构问题的解。 序列。当用芯片与目标DNA片断进行杂交实验时。基于Watson— Crick互补配对(即A-T，c—G)原则确定所有互补探针．检测i}j的 针在杂交实验中只能被检测到一次，这会导致一个负错误 互补探针的全体称为该DNA片断的谱集。用计算机程序将谱集 (AAA o假定一个正错误(C1Tr)也会出现，得到非理想谱集 进行组合分析后即可重构给定的日标DNA序列。 {AAA，AAT．ATC。CTA，CIT，TAA，TCT}。 杂交实验由于技术和条件的限制往往j}：现两类错误：一类 由上述非理想谱集重构序列st的过程见图l。 是负错误，即由于杂交不充分某个探针本应与DNA片断杂交却