5310.生物信息学导论面向高性能计算的算法与应用.pdfVIP

生物信息学导论：面向高性能计算的算法与应用 猛点这里下载全部内容 目录： 第一篇预备知识篇 第1章分子生物学基础 1.1生命的演化与分类 1.2核酸：dna与rna 1.3蛋白质 1.4dna的复制 1.5基因与染色体 1.6基因表达 1.7现代生物工程技术 1.8现代分子生物学中的经典计算问题 第2章数学及计算机科学基础 2.1线性代数理论 2.2概率论基础知识 2.3最优化理论 2.4统计学习理论 2.5函数增长速度的比较 第二篇序列分析篇 第3章序列比对的基本方法 3.1序列的相似性与同源性 3.2点阵图 3.3两序列比对概述 3.4全局比对的动态规划方法 3.5局部比对的动态规划方法 3.6重叠区域匹配的准全局比对算法 3.7空位罚分模型 3.8仿射空位罚分模型下的全局比对算法 3.9仿射空位罚分模型下的局部比对算法 3.10降价空间存储的两序列比对算法 3.11降低时间开销的两序列比对算法 3.12比对得分的正则化 3.13启发式的近似寻优比对算法 3.14比对得分的统计学显著性 3.15多序列比对 3.16氨基酸替换矩阵 3.17小结 第4章序列比对的并行计算 4.1并行编程模型 4.2并行计算机系统结构 4.3序列比对及其并行化方案 4.4smith-waterman算法的细粒度并行实现 4.5序列数据库搜索的粗粒度并行算法 4.6多序列比对的并行算法 4.7基于专用硬件fpga的序列比对 第5章基于字符串精确匹配的序列比较 5.1模式的精确匹配与非精确匹配 5.2朴素的模式匹配算法 5.3线性时间的字符串搜索算法 5.4基于关键字树的模式集合匹配算法 5.5后缀树 5.6后缀树的构造 5.7后缀数组 5.8基因组中的重复序列 5.9后缀树用于搜索重复子串和独特子串 5.10最长重复序列的搜索算法 5.11广义后缀树 5.12最长公共子串问题 5.13k次失配问题 5.14小结 第6章基因识别 6.1基因识别与预测的计算方法 6.2预测算法的准确性度量 6.3独立识别法 6.4基于比较的基因识别方法 第7章马氏链与隐马氏模型 7.1马尔可夫链 7.2隐马尔可夫模型 7.3计算全概率的正向算法 7.4计算全概率的反向算法 7.5解码问题的viterbi算法 7.6模型参数的估计 7.7带有哑状态的hmm 7.8谱hmm 7.9采用谱hmm进行多序列比对建模 7.10利用hmm对基因识别问题进行建模 第8章序列进化的基本模型 8.1核苷酸替代的进化模型 8.2连续时间下的进化模型 8.3离散时间下的进化模型 第9章分子进化树的重构 9.1进化树的概念与术语 9.2进化树重构的简约类方法 9.3讲化树重构的距离类方法 9.4进化树重构的统计类方法 9.5树拓扑空间的搜索技术 9.6似然度最大化的数值算法 9.7模型选择与假设检验问题 9.8进化树拓扑结构的建模、估计与检验 第三篇蛋白质组学分析篇 第10章蛋白质的结构预测 10.1蛋白质的层次性结构 10.2常见的二级结构单元 10.3蛋白质二级结构检测 10.4蛋白质二级结构预测的计算方法 10.5蛋白质二级结构预测算法的性能评价 10.6蛋白质结构的比对方法 第11章蛋白质序列鉴定的质谱分析 11.1质谱技术 11.2质谱数据分析 11.3实验质谱数据的预处理 11.4质谱比较的非概率型打分方法 11.5质谱比较的概率型打分方法 11.6基于串联质谱的蛋白质鉴定 11.7蛋白质鉴定的从头测序法 11.8含有修饰的质谱比较与肽鉴定 第四篇生物学网络分析篇 第12章蛋白质相互作用的预测 12.1蛋白质之间的相互作用 12.2蛋白质相互作用测定的实验方法 12.3研究蛋白质相互作用的生物信息学分析方法 12.4蛋白质结构域水平的相互作用预测 12.5小结 第13章生物学网络的模块划分 13.1引言 13.2复杂网络的结构特征 13.3复杂网络结构特征度量指标的计算方法 13.4生物学网络结构分析的并行计算 13.5复杂网络的结构模块划分及生物学网络功能模块挖掘 13.6生物学网络模块划分的传统聚类方法 13.7生物学网络模块划分的谱聚类方法 13.8生物学网络模块划分的混合式聚类算法 13.9网络模块划分结果的评价 第14章大规模网络的数据挖掘技术 14.1聚类分析 14.2层次聚类法 14.3k均值聚类方法 14.4核分析方法 14.5基于核的k均值聚类方法 14.6谱聚类方法 14.7k均值聚