一种适用于太平洋牡蛎高多态基因组单核苷酸突变验证的两步式高分辨率熔解曲线方法.pdfVIP

2013年26卷4期 西南农业辱报 VoL 26 Nn4 s哪tllw鳅China0f Sciences Journal Ag血：llltulal 文章编号：1001—4829(2013)04—1699—06 一种适用于太平洋牡蛎高多态基因组单核苷酸 突变验证的两步式高分辨率熔解曲线方法 王家丰1”，齐海刚1，李 莉1，张国范h (1．中国科学院海洋研究所，山东青岛266071；2．中国科学院大学，北京100039) 摘要：长牡蛎(Cm船)基因组具有高度的多态性。因此，导致传统的商分辨率熔解曲线(HRM)方法在长牡蛎基因组 SNP分型验证中表现出很低的效率，并且传统HRM方法花费比较高。本文提出一种经过改良的适合高度多态性基因组SNP验证 的HRM方法。这种two-4RepHRM方法在传统的HRM方法基础上进行了许多改进；利用这种改进的方法，使用一对引物即可准确 完成一个特定SNP位点基因型的确定和区分，并且相应的花费较传统方法大大降低。本实验中共使用56组引物对长牡蛎SNP进 行验证，有8组引物因为特异性较差在引物筛选中被排除。最终有30组引物成功验证SNP，成功率约为62．5％。超过63％的 ％，C／G：6．7％)。随印选取5组引物的扩增产物进行san8er测序，通过序列对比后获得与该方法完全相同的分型结果，这也证 明了本方法的准确性。以上数据表明本文提出的two-stepHRM方法是一种可使用于高多态性牡蛎基因组的高效、经济并且有高 通量潜力的SNP验证方法。 关键词：长牡蛎(太平洋牡蛎)；单核苷酸突变；基因分裂方法；两步式高分辨率熔解曲线 中图分类号：Q95．336 文献标识码：A Methodfor validationin Two-stepHigh-resolutionMelting SNP the CrassostreaGenome Polymorphic HiOdy gigas WANG Guo-fanl‘ Hai-san91，LIIAl，z}IANG Jia-fen91一，QI CenterafMarine of 0f (1．RD Biotechnolngy，InstituteOceanology，ChineseAcademySciences，SlumdongQ叫；dao266071，China；2． ofChinese of University Academy 100039，China) Sciences，Beijing Atstract：The$enome 0foyster(Cmg扣)删certified low and nudeotide in lIalysi8presentede击ciencycostlyexpensefor自irIgle polymorphisms(SNP)S喇yPmSc幽滞ganome．Animpmved for