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【原创】【非首发】生物软件DNASTAR教程之Editseq使用 本帖被 腾飞生物 设置为精华(2009-11-20) Editseq是一个非常常用的软件，但是我相信很多朋友都没有真正利用好这个工具（哈哈包括我在内），今天我就此软件的使用做一个简单的介绍，有未尽之处，请大家指正。软件使用DNASTAR7.1 论坛下载链接： HYPERLINK /read.php?tid=33 \t _blank /read.php?tid=33注意：VISTA系统安装破解补丁时，请给当前用户一个完全控制lasergene的权限或者关闭UAC，否则不能正常破解。我以TA克隆测序结果为例简单介绍一下使用方法，为了方便下载了一个网上序列以小写字母表示（直接以信号肽开始，为了更清楚的介绍我将其反向互补了），载体序列为大写字母：1.打开序列在这里我们可以选择打开的位置也就是下面可见的“set ends”选项，这里我设置打开起点为50，重点为1000Length为1094bp，打开的范围内951，之后打开就OK了。文档打开了，只是set ends功能不是很实用，了解一下就OK了，另外，set ends中还有两个选项，自己研究一下吧……2.Search和goodies-- reverse complement选项：载体是PMD19-T，接头序列为gacgatt/atctct或agagatt/atcgtcgac，我们先查找agagatt（当然这里最好的是查找引物序列，不过很多时候为了方便就这样查找了）我们找到了gacgatt这个接头序列，但是后面接的不是我们的信号肽啊，现在我们先不找另外一端接头了，全选所有序列，然后利用“goodies----reverse complement”选项实现反向互补然后再寻找接头序列“gacgatt”后面的就是我们的序列了3.FIND ORF和goodies---translation选项：现在我们可以将载体序列去掉了在我们的插入序列中寻找ORF。在这里我没有去掉载体序列，黑色选中的就是插入的ORF了。这里我们可以将其翻译成蛋白质序列右侧就是翻译出来的蛋白质序列了。这里面我们可以选择不同的基因编码方式，比如脊椎动物线粒体植物线粒体等，选中之后再翻译就OK了。当然这里用的是NCBI里面Down的序列，开放阅读框是确定的了??有的时候（如随机筛选cDNA克隆）一些序列ORF不确定，就需要在 HYPERLINK /tools/dna.html \t _blank /tools/dna.html中翻译了，网站可以提供六种读码框（正反向各三种）。4.Blast及blast结果保存刚开始使用Editseq的时候一般都是把插入序列copy直接去NCBIBlast，后来发现了Editseq就可以实现，而且还可以直接批量保存序列（如果需要做进化分析相关的就比较适用了），所以就这样比对了哈哈在本例中，适用核酸BlastX或蛋白BlastP基本没有区别，但是在读码框不确定的时候，应该使用BlastX。说句废话啊，你要能上网啊！（别扔砖头啊%@）如果我们需要保存一些相似的序列，可以通过“create document”和“batch save”来实现。下面是Creat Document的截图，下拉列表中可以选择“top（由上至下多少个）”“select（选中的）”“next（当前选中位置后多少个）”等选项，这里我选择下载上面5个。这里我们可以将这几个序列“Export”（导出）或“Export all to one”（可选择将所有的导出至一个文件中），导出的格式可以是FASTA、genebank flat file等格式，我选择导出所有至fasta格式。输出的文件为（这里我直接用文???文档打开），里面有原始的序列，我们做适当的编辑后，就可以直接对文档进行Allign操作了（我一般使用VectorNTI中的AlignX，论坛里面也有mega和clustal的下载）。Batch save与之相似，区别在于batch save只下载序列不打开序列；Creat Document打开并下载序列5.Speech功能： 这个功能适用于校对胶图使用，使用chromas等软件打开胶图后，在Editseq中开启speech，听着读音校对测序图谱就OK了。6.Features功能：此功能可以对基因加入注释，很多朋友可能都用不上（我自己也没用上过），就不啰嗦了。7.File下拉菜单中命令：new新建一个DNA或者PROTEIN序列；import导入序列，可导入数据的格式较open更多；open entrez sequence打开