基于动态贝叶斯网络的多时延基因调控网络构建.pdfVIP

第5卷第17期2005年9月科学技术与工程 V01．5No．17Sep．2005 1671—1815(2005)17-1247一06Science and ⑥ 2005 TechnologyEngineering Sci．Tech．Engng． 生物科学 基于动态贝叶斯网络的多时延基因调控网络构建 崔光照1’2 张勋才圯 曹祥红2 董亚非1 王延峰1 (华中科技大学控制科学与工程系1，武汉430074；郑州轻工业学院电气信息工程学院2，郑州450002) 摘要 分子生物学的主要挑战是如何更好地理解基因间的调控机理。重构调控网络有助于探索生命’系统的 本质问题。目前，已提出的方法大多数都不考虑基因表达之间的时延，或者假定其时延是一个常量。这为深 入理解基因调控的时一空机制带来了困难。现提出一个用连续DBNs构建具有多时延基因调控网络的方法， 它可以系统地分析基因之间的调控关系。将其应用于酵母菌的转录调控网络中，结果显示，该方法能更好地 估计转录时延，进一步提高了调控网络构建的精度。 关键词 基因调控网络 动态贝叶斯网络 时序微阵列数据 时延 中图法分类号Q344．14；文献标识码A 基因调控网络是生命功能在基因表达层面上的 最近，一些研究发现口’8]，不同基因之间存在的时延 展现，基因调控网络的研究主要是通过分析时序基 因表达数据，结合生物信息学的方法和技术构建合 多时延的调控网络，但是，该算法复杂；同时，离散化 适的基因调控网络拓扑结构来模拟系统的调控机 可能引起信息的丢失。不易应用于大规模的调控网 理。这无疑有助于探索生命系统的本质问题。在调 络中。 控网络建模方面，目前已发展了很多种数学模型或 为解决这些问题，这里提出了一个用连续 方法，如布尔网络、微分方程、聚类分析和贝叶斯网 DBNs构建具有多时延的基因调控网络的方法。首 络等[1’2]。而利用贝叶斯网络构建调控网络是目前先根据互信息准则，估计调控基因与靶基因之间的 时延。其次，根据时延，对时序微阵列数据进行重新 生物信息学研究的一个热点[2’3]，Friedman等人口] 利用贝叶斯网络构建了一个包含800个基因的基因 组织。最后利用DBNs构建基因调控网络。 调控网络。然而，两个基因之间的调控存在一定的 1 方法 时延，Murphy等人[4]根据这一特性首次提出用动 态贝叶斯网络(Dynamic Networks， 从生物学的观点来看，基因间的转录调控关系 Bayesian 存在不同的时间延迟。为更精确地理解基因间的调 DBNs)模型分析时序基因表达数据，Kim等人[5’6] 也在这方面做了大量的工作，并结合线性或非线性 控关系，我们引入多时延的调控关系网络。首先利 模型以及相应的生物学知识对该方法进行了改进。 用互信息计算调控基因与靶基因的转录时延(比如 事实上，可以证明已经提出的大多数离散时间模型 m个时间单元)，然后将调控基因的基因表达谱相对 于靶基因的表达谱向后移动(m一1)个时间单元(对 包括布尔网络模型、D’haeseleer等的线性模型和 于优一0，也即同时表达调控的，向前移动一个时间 Weaver等的非线性模型都是DBNs模型的特例[4]。 单元)，经过重新组织的基因表达数据满足了DBNs 处理时序数据的条件，这样就可以采用DBNs进行 2005年4月28日收到 国家自然科学基金