第五章 系统发生分析.pptVIP

系统树构建流程 小考 一、名词解释：生物信息学、FASTA序列格式 、BLAST、多序列比对 、系统发育树 二、问答题 BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途是什么？ 作业 论述生物信息学的发展历史和趋势。 Rooted by outgroup archaea archaea archaea eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote bacteria outgroup root eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote 无根树 archaea archaea archaea 有根树，无根树，外围群 有根树 外围群 物种树： 代表一个物种或群体进化历史的系统发育树 两个物种分歧的时间：两个物种发生生殖隔离的时间 基因树： 由来自各个物种的一个基因构建的系统发育树（不完全等同于物种树），表示基因分离的时间。 a b c d e f 基因分裂 基因分裂 基因分裂 物种分裂 系统发育树的种类 ——基因树、物种树 期望树： 一个用无限长的序列或每一分支的期望替代数构建的树 理论上： 假设所研究的序列无限 长，从中随机抽样进行 统计分析。 实际情况： 所研究的序列是短序列， 统计得到的替代数目存 在大量随机误差。 现实树： 建立在实际替代数基础上的树 重建树 构树方法 系统发育树的种类 ——期望树、现实树和重建树 第二节 系统发生分析步骤 （1）序列比对 （2）确定替换模型 （3）构建系统发生树 （4）评价所建立的树 两类数据： 距离： 离散特征 离散特征数据可分为 二态特征——例如：DNA序列上的某个位置如果是剪切位点 多态特征——例如：某一位置可能的碱基有Ａ、Ｔ、Ｇ或Ｃ 系统发生树的构建方法分为两大类： 基于距离的构建方法 非加权组平均法 邻近归并法 Fitch-Margoliash法 最小进化方法 基于离散特征的构建方法 最大简约法 最大似然法 进化简约法 相容性方法 基于离散特征的构建方法---最大简约法（MP） 最大简约法(maximum parsimony,MP)最早源于形态性状研究，现在已经推广到分子序列的进化分析中。最大简约法的理论基础是奥卡姆（Ockham）哲学原则，这个原则认为：解释一个过程的最好理论是所需假设数目最少的那一个。对所有可能的拓扑结构进行计算，并计算出所需替代数最小的那个拓扑结构，作为最优树。 最大简约法利用存在序列之间的差异的位点,即信息位点：由位点产生的突变数目把一棵树与另一棵树区分开来的位点。对于一个信息位点要求至少有两种不同的序列,而且每个序列至少出现2次。 最大简约法就是寻找长度最小，代价最小(替换的次数最少)的树。 我们只考虑信息位点。(以5为例) try… 基于距离的构建方法 距离法又称距离矩阵法，首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系 。 10条核酸序列的距离矩阵 例，如果有三个物种，其两两距离如下： dab = 0.5 dac = 0.9 dbc = 0.9 通过求解方程，得到 如图所示的一棵树。 u v a b c 0.2 0.25 0.25 0.45 一种简单的距离矩阵 由进化距离构建进化树的方法有很多，常见有： 1.Fitch-Margoliash Method（FM法） 2. Neighbor-Joining Method (NJ法/邻接法) 3. Neighbors Relaton Method(邻居关系法) 4.Unweighted Pair Group Method (UPGMA法) 通过矩阵建树的方法 距离法之———非加权分组平均法（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, UPGMA） 在非加权分组平均法中，在计算新分类到其它分类之间的平均距离时按照各分类中分类单元的数目进行加权处理。 UPGMA法 d=e=10/2=5 c=19/2=9.5 g=c-d=9.5-5=4.5 d(DE)A=(AE+AD)/2=(41+39)/2=40 a=b=22/2=11 A B (CDE) A -