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分子模拟计算及其可视化 姚继锋 中科院软件所并行软件研究与开发中心 摘 要 分子数值模拟是当前进行材料科学、生命科学研究的主要方法之一。利用数值模拟来辅 助新材料、新药物的设计以及对基因、病毒等生物大分子的分析研究已经成为一种发展趋势。 本文介绍了一个面向并行计算的分子模拟系统SMSP。SMSP 包括基于OpenGL 的可视 化系统、基于TCP/IP 的通讯系统以及包含多种计算方法的模拟系统等三个部分。 SMSP 采用了多种先进的软件技术如Client-Server 结构、面向对象技术、用户认证技术、 平台无关的 GUI 等，使得软件适于进行分布式大规模计算，并且具有良好的可扩展性和可 移植性。 文章侧重阐述了SMSP 的体系结构以及Builder 的设计与实现。 关键字：分子模拟，并行计算，可视化 Molecular Simulation and Visualization