高斯09溶剂效应论坛讨论.docVIP

Gaussian 09计算溶剂化能量 使用scrf=(solvent=toluene,cpcm）命令在G09下计算溶剂化能量（使用气态优化的结构）！但是由于与使用G03时输出文件不一样（没有Total free energy in solution这一项）！请教使用G09怎么计算溶剂化能量？ Mcdull?发表于 2010-11-14 20:26:55 那就直接用文件结束时给出的能量好了。方便的话，也可以把output放box上让大家帮忙分析下。 yangxz?发表于 2010-11-17 08:30:20 做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。 caipingl?发表于 2010-11-17 12:21:53 用smd模型来计算：scrf=(solvent=toluene,smd），不需要指定半径。单点算出来的能量E加上气态计算的自由能修正，结果比较合理。不过我一般使用G09得到气态优化结构，然后用G03计算溶剂效应。 hgp2006?发表于 2010-11-19 20:09:49 用smd模型来计算：scrf=(solvent=toluene,smd），不需要指定半径。单点算出来的能量E加上气态计算的自由能 ...caipingl 发表于 2010-11-17 12:21 /bbs/images/common/back.gif??那你这种情况发文章时怎么说呢？03和09的溶剂化计算相差还是很大的！ gaoyp0114?发表于 2010-11-22 17:08:59 请问你是如何算溶剂化能的，对应高斯输出文件的哪项？ caipingl?发表于 2010-12-22 07:36:37 回复 5# hgp2006?G03和G09的参考文献都写上，溶剂化效应说明部分指出采用G03计算就可以吧。我对比过一些G03和G09优化结果，差别很小。我想这样做应该是合理的吧。相对于某些体系，G09的SMD模型会得到比较奇怪的结果。个人感觉G09不如G03，有时有些体系用G09优化就会出错，而G03就能正常运行，而且IRC计算时也经常会出错。感觉还是G03用起来得心应手。 yangxz?发表于 2011-1-5 02:21:31 使用G09可以直接优化包含溶剂化效应的结构，在此基础上做频率计算就可以了。SMD模型比较新，但个人感觉不太成功。Bondi Radii应该更稳定一些。 Dice?发表于 2012-4-6 08:39:25 本帖最后由 Dice 于 2012-4-6 08:41 编辑?做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。yangxz 发表于 2010-11-17 08:30 /images/common/back.gif如果要溶剂化能的话，是不是做一个溶液相的计算（opt + freq）和一个气相的计算（opt + freq），然后用 Gsol - Ggas ？ Dice?发表于 2012-4-6 09:16:47 DoVacuum performs the first iteration in the gas phase; this option is required in order to compute a ΔG of solvation.?我用 scrf=(smd,solvent=toluene,DoVacuum)，没有见到 ΔG of solvation这个问题我也很疑惑，希望跟大家讨论下。G03中，溶剂化主要是以PCM系列为主，溶剂化的计算自动包括了静电项（elec）和非静电项（non-elec = cav+dis+rep），如果使用scrf=（solvent=溶剂名称，pcm，read）最后来一个scfvac，那么会在.log文件中给出你详细的数据，其中有ΔG（sol）=E（elec）+G（non-elec）（据很多文献的描述，溶剂化自由能包括这两项）。G09中的溶剂化有点烦锁有点坑。首先，它取消了scfvac这个命令，无法直接给出ΔG（sol），PCM的默认计算不再包括non-elec。如果想要计算和输出non-elec并且同时给出ΔG（sol），需要scrf=（solvent=溶剂名称，pcm，externaliteration，dovacuum，read），在gjf最后使用cav（回车）dis（回车）rep，那么你会在.log文件中得到与03一样的结果。其次，这个版本包括了很新的SMD溶剂化模型（Truhlar课题组做的，由很早的SM5演变过来的吧），这个模型的特点主要是对non-elec的改动，它等于CDS=cav+dis+struc，但其elec项依然是PCM做的。并且SMD的计算结果会直接就把non-elec加到所得到的S