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201
1年39卷第4期 广州化工
分子动力学模拟基本原理及研究进展
李春艳，刘华，刘波涛
(中北大学理学院，山西 太原030001)
摘 要：阐述了分子动力学模拟的基本原理，介绍了分子动力学的牛顿运动方程、相关有限差分算法、边界条件的选取以及热
力学性质的计算。最后还指出了分子动力学模拟方法进一步研究方向。
关键词：分子动力学模拟；有限差分算法；边界条件
andMethodsof
Molecular Simulation+
Development Dynamics
Bo—tao
L／Chun—yan，LIUHua，LIU
of of of 03005
(DepartmentChemistry，CollegeScience，NorthUniversityChina，Shanxi
Taiyuan1，China)
basic ofmolecular simulation
Abstract：The weredescribed．Thecontents Newtonian
principles dynamics comprised
of relatedfinitedifference extractionof thecalculationof
equationmotion，the technique，the boundarycondition，and
researchdirectionsofmolecular simulationswere
thermodynamicproperties．Finally，further dynamics proposed．
words：molecular difference condition
simulation；finite
．Key technique；boundary
当实验研究方法不能满足研究工作的需求时，用计算机模 度为a；=r；，受到的作用力为‘，原子i与原子．『之间距离为o=
拟却可以提供实验上尚无法得到或很难获得的重要信息；虽然 |rf一-I，原子，对原子i的作用力为‘，原子i和原子，相互作用
计算机模拟不能完全代替实验，但为科研工作者们提供了重要
的参考、指导实验、验证某些理论假设，从而促进理论和实验
的物理量都是随时间变化的，即A=A(t)，控制方程如下：
的发展。利用计算机模拟研究复杂的凝聚态系统是一种强有力
m‘ri=F‘=溉 (1)
的工具。由于分子模拟研究不受样品制备和测试技术的限制。
有助于人们对材料的微观结构与性能之问关系的理解。 Fi=一△，iU(r1，r2，I|}rⅣ) (2)
分子模拟是指利用理论方法与计算技术，模拟或仿真分子 以此建立一个线性的微分方程组．给定初始位置和速度。
运动的微观行为，广泛的应用于计算化学，计算牛物学，材料科 方程是封闭的可以得到任意时刻系统中所有原于的位置r。(t)和
学领域，小至单个化学分子，大到复杂生物
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