α-淀粉酶基因的进化分析.pdf

江苏农业科学2013年第41卷第4期 一25一 仉晓文，王俊甫，王可可，等．a一淀粉酶基因的进化分析[J]．江苏农业科学，2013，41(4)：25—27 仪一 淀粉酶基因的进化分析 仉晓文，王俊甫，王可可，彭芳林，郭利杰，祝艾静 (河南师范大学生命科学学院，河南新乡453007) 摘要：了解植物a一淀粉酶基因的起源，对于理解其在植物中的功能具有重要意义。基于GenBank数据库中植 物淀粉酶的核苷酸序列及氨基酸序列，采用生物信息学方法如序列比对和进化树构建对其进行分析，结果发现用2种 方法构建的系统发生树较为相似，推测它们之间的进化关系较为一致。同时序列比对结果显示，有2个高度保守的序 列区，是a一淀粉酶基因所特有。本研究推测植物a一淀粉酶基因家族起源于一个共同的祖先基因，后又分化为 AmyA、AmyB家族。 关键词：淀粉酶；进化树；序列比对；生物信息学 中图分类号：Q75 文献标志码：A 文章编号：1002—1302(2013)04—0025—03 淀粉酶是一种在工农业生产和日常生活中均被广泛应用 表l 用于系统发育分析的淀粉酶基因及其在GenBank的登录号 的酶类…，其主要作用是通过断裂淀粉分子结构中的a一1，4 淀粉酶基因 GenBank登录号 糖苷键催化淀粉的降解。微生物、动物、植物产生a一淀粉酶 bean )(73301 Mung 的氨基酸序列之间的同源性不超过10％，但这些淀粉酶分子 RAmy3E M59352 结构中却有A、B、C、D等4个高度保守区域瞄。]。因此分析 W—Amr3，33 X05809 淀粉酶基因不同区域的变异及基因进化，可以更好地理解淀 RAmy3B M24941 粉酶基因的功能及表达。本研究通过对单子叶植物和双子叶 RAiny3C X56338 植物a一淀粉酶的基因进行分子系统学分析，旨在弄清a一 RAmy3A X56336 M59351 淀粉酶基因之间的进化关系。 RAmy3D J0伽 B—Amy46 1材料与方法 曰一gkAmyl41 X15227 曰一Amy6—4 X15226 1．1序列获取及特征分析 X16509 RAmylA a一淀粉酶基因序列来自于GenBank数据库，用tv一淀粉 B—doneE J01236 酶基因的保守区域搜索其基因组序列，采用Blastn和TblastnⅣ一Amy2／54 S42217 X05166 引擎进行搜索，获得相应的登录号(表1)。 B—Amy32b