α-螺旋蛋白质分子链上的孤立子寿命.pdf

计 算 物 理 第20卷第6期 v。l20．№6 薹筵!墼! 竺些!!竺型竺童!皇竺鱼丝竺坠!墅竺 !兰!鲨 [文章编号]1001—246x(2()()3)()6—0556—05 仅．螺旋蛋白质分子链上的孤立子寿命 吴光敏， 周凌云， 周熠颖 (昆明理上大学理学院，云南昆明650093) [摘要] 以连续近似条件下的孤豇子为初始条件，对小螺旋蛋白质分子链上动力学方程的数值解进行了时 论，发现在不考虑热振动影响的情况下，a一螺旋蛋白质分子链上孤立于的寿命仍是有限的 [关键词】 Davydov理论；廿螺旋蛋白质；孤立于； [中图分类号] Q616 [文献标识码】 A 0引言 部振子项所对应的准粒子的有效质量；^。，一：，x。 上个世纪70年代末Dawdov将固体理论的一维 晶格动力学理论用于n螺旋蛋白质分子。。，提出了 和zz是有关力常数．作变换风+嘉瓷风，则方程 一维a．螺旋蛋白质分子的孤立子理论，并对孤立于 (1)，(2)变为 产生及生理功能进行了研究．之后人们在该领域做 r执=(最一％，一2风)+老(h㈧啦，n+ 了大量的理论和实验研究工作”j．一般情况下，在对 a一螺旋蛋白质分子链的动力学方程取连续近似后， (3) 争P：(钆r饥-)+(Po峨)刚， 可以得出非线性薛定鄂方程，并用反散射法可以得 到一个稳定的孤立子解．但取连续近似会对方程产 瓜讪篆(‰也胁一艺(‰Ⅲ一)+ 生什么影响，却未见有人研究．过去人们认为，在一 定温度的外部环境中，孤立子因受热运动的影响寿 (4) 彘[(R一一风)仇+·+(风一趣一，)仇一·]1 命是有限的”’．本文对时间连续、空间离散的a．螺旋 蛋白质分子链动力学方程进行数值研究，在没有考 其中h=~／丽?瓦是氨基酸残基的固有振动周期．在 虑外部环境温度的影响下，发现*螺旋蛋白质分子 方程(3)和(4)中，时间是连续的，空间是离散的如 链上孤立子的寿命仍是有限的． 果将空间取连续近似，则得出一偏微分方程组；如果 将时间取离散近似，则得出一差分方程组． 1蛋白质分子动力学方程 对。螺旋蛋白质分子，可用下面方程组表示㈨ 2离散方程 将风和吼对时间离散化，以“为时间的蛀小 腔。=k(n．仙一2R)+怒(kH％-m 单位，取一阶向前差商和二阶中心差商 t o， J+L尹川一尹^一】，鼽J’L R。—，R。，。；壹。—-当(R。“。一R。，。)； 鲁[f：(‰．一阻。)+(f：+，一P：一，)鼽]，(1) 至忑L驴^L驴㈧一中t ‘O 盖。—，三(月。。．。+．R。。。一2R