蛋白质序列地矩阵图谱表达.pdfVIP

第 l5卷 第 2期 生命科 学研 究 Vo1．15 No．2 20l1年 4月 LifeScienCeResearch Apr．2011 蛋 白质序列的矩阵图谱表达 张 堑 ，赵静静 ，唐旭清 (江南大学 理学院，中国江苏 无锡 214122) 摘 要 ：基 于经典 HP模 型，利用蛋 白质序 列的矩阵 图谱表达 法 (MGR)及数值刻 画的思想提 出了一种新 的蛋 白质序列的比对方法 ，通过观察蛋 白质序列的数值刻画图及计算两蛋 白质序列之 间的欧氏距 离d，对木聚糖 酶两 家族 的蛋 白质序 列进行 了相似性 分析 ．发现被 划分 为 同一木聚糖 酶 家族 的蛋 白质序 列之 间的相似性 更 大．而且蛋 白质序 列的相似性程度 与分子 大小、结构和分子进化相关． 关键词 ：经典 HP模 型；矩阵 图谱表达 ；相似性 ；木聚糖酶 中图分类号 ：029；TP301；Q71 文献标识码 ：A 文章编号 ：1007—7847(20l1)02—01ol一06 TheMatrixGraphicalRepresentati0nofProtein ZHANGKun，ZHAOJing—jing，TANGXu—qing (SchoolofScience，JiangnanUniversity，Wuxi214122，Jiangsu，China) Abstract：Byusingthematrixgraphicalrepresentationofprotein(MGR)andnumericalcharacterizationbased onthedetailedHPmodel，anewmethodofaligningtwoproteinsequenceswasgiven．Byobservingthenumeri— calcharacterizationgraphsofproteinsequencesandcomputingtheEuclideandistance dbetweenthattwose—— quences，thesimilarityofproteinsequencesintwoxylanasefamilieswasanalyzed．Theresultsindicatedthat： theprotein sequenceswhich belongtothesamefamilyofxylanasehavergeatersimilarity，andthedegreeof similarityisrelatedtothemolecularsize，structureandmolecularevolution． Keywords：thedetailedHPmodel；matrixrgaphicalrepresentationofprotein(MGR)；similarity；xylanase (￡f／eScienceResearch，2011，15(2)：101～106) 木聚糖酶是可将木聚糖降解成低聚木糖和木 白质序列进行科学的分析和处理．蛋 白质序列的 糖 的一类酶的总称 [1]，其主要分为 F／IO和 G／I1 相似性分析方法是生物信息学研究的基础 ，其已 两个家族 ．当前木聚糖酶广泛应用于工业领域 ， 成为生物信息学领域 中一个非常重要的研究课 如制浆造纸、饲料加工、酿酒 、烘焙食品、制备功 题 ，通过对蛋 白质序列进行相似性分析 ，我们可 能性低聚糖 、临床 、环境保护等领域．然而工业生 以获得大量的序列信息，从而用来推断蛋 白质的 产条件往往 比较苛刻，使得木聚糖酶的利用受到 结构、功能和进化关系．目前常用的蛋 白质序列相 极大限制．除了筛选合适的菌种外 ，人们更希望 似性分析方法有：1970年 Gibbs提