新型鸭肝炎病毒FS株全基因组序列分析.pdfVIP

新型鸭肝炎病毒FS株全基因组序列分析 何冉娅，，孙伟z，罗玉均-，何逸民1，张梓红件 (1．华南农业大学兽医学院，广东广州510642；2．西南大学药学院，重庆400715) Premier5．0 摘要：本试验参考GenBank中已公布的新型鸭肝炎病毒全基因组序列，应用Primer 软件，在序列保守区域分别设计了7对引物，通过RT-PCR方法对本实验室已鉴别纯化的新型鸭肝炎病 毒Fs株进行了分段扩增，经过测序拼接整理，获得Fs株全基因组序列(6enBank中登录号为 内外已发表的新型鸭肝炎病毒参考毒株进行相似性分析，结果表明，与G株(GenBank登录号为 氨基酸相似性最高，均为99．6％，与DHV-HS株和DHV—HSS株的相似性最低，均为83．6％。系统发育树分 析发现，与G株亲缘关系最近。 关键词：新型鸭肝炎病毒；全基因组：序列分析 中图分类号：$858．32 文献标识码：A 文章编号：1005—8567(2009)05—0034—05 ofstrainnew ofduck Completegenomesequenceanalysis FS，a serotype virus hepatitis He Ranya’，SunWei2，LuoYujunl，HeYiminl，ZhangGuihon91 China ofVeterinaryMedicine，SouthAgriculturalUniversity，Guangzhou510642，China；2．CollegeofPharmacy (1．College 40071 Science，SouthwestUniversity，Chongqing5，China) ofstrainFS．anew ofduck viruswas A．bs。wact：111e serotype completegenomesequence hepatitis of withPrimerPremier5．0software determinedRT-PCR seven according by assayusing pairsprimersdesigned totheconservedof ofthenew duck virus in regionscompletegenomesequence serotypehepatitisdeposited showedthat ofFSwas7792nucleotidesinsize one the large GenBank．Sequenceanalysis genome constituting 1 withthe ofthenew accessi