《Hierarchically Clustered HMM for Protein Sequence Motif Extraction with Variable Length》.pdfVIP

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2015-09-27 发布于浙江
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《Hierarchically Clustered HMM for Protein Sequence Motif Extraction with Variable Length》.pdf

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TSINGHUASCIENCEANDTECHNOLOGY ISSN1007-021408／10 pp635-647 Volume 2014 19，Number6，December ClusteredHMMforProtein Motif Hierarchically Sequence withVariable Length CodyHudson，BernardChen+，and Che Dongsheng Abstract：Proteinmotifsextractionisan fieldofbioinformaticssinceitsrelevancetothe sequence important structural are relatedtothis themotifswithinthesame analysis．Twomajorproblems field：(1)searching protein awindowsizefor themotifssearch．Thiswork the Clustered family；and(2)assuming proposesHierarchically HiddenMarkov thebehaviorandstructureof intermsof Model(HC—HMM)approach，which represents proteins aHiddenMarkovModelchain and clusterseachchain distancebetweentwo hierarchically byminimizing given chains’structureandbehavior．ItiswellknownthatHMMcanbeutilizedfor for onHiddenMarkovModelsthemselvesare studied．Inthis ahierarchical clustering rarely paper，wedeveloped based forHMMstodiscover motifsthattranscendboundarieswithno clusteringalgorithm proteinsequence family onthe ofthemotif。This examinestheeffectivenessofthis formotif assumptionlength papercarefully approach extractionon2593 thatsharenomorethan motifsare proteins