MPP并行机上数亿粒子规模的分子动力学模拟.pdfVIP

高技术通讯 2004 .5 ! 并行机上数亿粒子规模的分子动力学模拟! ! 曹小林 莫则尧 张景琳 （北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心计算物理实验室 北京 l00088） 摘 要 提出一种基于“块 单元 链表”数据结构和 动态负载平衡的并行分子动力 - - HSFC 学算法，实现了大规模、非均匀分子动力学模拟的基于MPI 的可扩展并行计算，以辅助物 理学家实现具有实验意义的纳米级模拟。具体地，在某 并行机的 个 上，计 MPP 240 CPU 算 亿（二维）和 亿（三维）个粒子规模的金属微喷射问题，均获得了 倍以上的 3 . 84 2 .76