第五章遗传作图与QTL定位.pptVIP

* * 作图群体 参考家系 资源家系 系谱记录 、表型记录、基因型记录、遗传连锁分析（linkage analysis） 第一种设计 近交系的杂交资源 第二种设计 远交系统杂交 第三种设计 群体结构、任意家系 三种系统需要系谱记录 * CSSLs系(chromosome segment substitution lines) 染色体片段置换系或渗入系(intro-gression lines, ILs) 是以一亲本为受体, 另一亲本为供体, 建立的一套覆盖供体亲本全基因组、相互重叠的染色体单片段代换群体。 ILs系 ( introgression lines )远缘杂交重组系或渗入系。 SSSL (single segment substitution lines)单片段替换系 * * * * * * * 第五章、遗传作图与QTL定位 * 一、遗传图 （一）基本概念 应用遗传学技术构建能显示基因以及其它序列特征在基因组上位置的图。 方法是以多态的遗传标记作为界标，计算细胞减数分裂过程中遗传标记之间发生重组的频率，来确定两个遗传标记在染色体上的相对位置。 遗传标记之间的相对距离即图距以厘摩（cM，centi-Morgan）为单位。重组值为1%时，图距即为1cM。 经典遗传图的作图最常用的是三点测交法。 现代遗传图的概念是于1980年提出的，就是将单纯的表型多态性界标改变为以DNA序列的多态作为作图界标。 人类第一张以RFLP为界标的遗传图发表于1987年。 *  （二）遗传图的局限性 分辨率有限 高等真核生物子代数量有限，只有少数的减数分裂事件可供研究，连锁分析的分辨率受很大限制。 海洋生物子裔多，可高分辨率作图。 人类基因组测序要求每100kb有一个标记，1996年发表的人类遗传图达到每0.6Mb一个标记（1Mb=1000kb） 精确度较低 假设交换是随机发生的，但由于交换热点的存在使某一区段的交换频率远高于其它区段，无法绘制精确的遗传图。 * 二、质量性状的基因定位 质量性状——从表型上可以明显区分为不同类型的性状。 （一）家系分析定位法 性连锁分析是最常用的方法。哺乳动物中只出现在雄性的性状，控制该性状的基因在Y染色体上。性状出现隔代交叉遗传、且雄性出现比例高于雌性，则控制该性状的基因在Y染色体上。 （二）遗传重组值定位法 摩尔根提出的方法，根据基因间的重组值与遗传距离成正比的原理，采用两点测交和三点测交的方法进行基因定位。 *  （三）体细胞杂交定位法 不同物种细胞融合后，杂种细胞会出现排除某一亲本染色体的现象，在人鼠杂种细胞常专一性地排除人的染色体。可以制备含一条（或少数几条）人染色体的杂种细胞。 * （四）原位杂交定位 将待定位基因的特定DNA序列或该基因转录的RNA作为探针，在标记了放射性同位素或非放射性化学物质后，与变性后的染色体DNA杂交，该探针就会同染色体DNA与其互补的序列结合成为双链，通过放射自显影或显色技术，就可确定探针（即待定基因）在染色体上的位置。FISH等 * 三、数量性状的基因定位 数量性状——对控制数量性状的基因数目不能准确估计，不能用提供基因的实际位置和功能上的信息。 遗传效应定位—QTL定位 * 定位QTL主要有两种方法： 基因组扫描——利用遗传上差异较大的品种进行杂交，跟踪性状和染色体上的标记在多世代家系中的分离情况。 候选基因法——根据其它生物已知基因的表现性状或待研究基因组区间可能的基因，研究候选基因位点上存在多态性，及其与目标性状之间的相关性。 * ） * 单标记分析法在一定程度上是有效的、简单且抓住了QTL作图的本质。但该方法估计结果较粗糙，只能说明QTL与标记相关，不能估计出它的大致位置，且QTL与标记之间的重组率无法单独估计。 * ） * 作图软件：Mapmaker/QTL * * ） * * * ） * 五）多重区间作图法 * * *  QTL的性质 ⑴ QTL可能是一个基因，也可能是几个基因； ⑵ 数量性状受为数不多、效应不等的几个QTL影响。少数位点对性状变异贡献很大 ⑶ 由于不同群体的遗传背景不同，根据不同群体确定的QTL会有差异 ⑷ 统计分析确定的QTL的位置并非物理上的位置 * *  QTL的应用 ⑴ 由QTL得到的遗传图可进一步换算成物理图，对QTL进行克隆和序列分析，研究控制数量性状的基因结构和功能。 ⑵ 在育种上进行标记辅助选择，利用标记与性状的连锁提早进行识别