淀粉样短肽集机制的分子动力学模拟研究.pdf

摘 要 蛋白质是组成生物体的主要成分之一。除了水，细胞总质量的50％以上都是 蛋白质。生物体的一切功能都离不开蛋白质，而蛋白质的功能基本上由其结构 决定。通常情况下，蛋白质是通过转移对悄作为模板合成并折叠的，但是蛋白 质折叠会受到外界环境的影响而可能错误折叠并且聚集。神经退行性疾病以及 另外一些疾病就与蛋白质错误折叠和聚集有关。因此，深入了解蛋白质折叠与 聚集的机制对于这些疾病致病机制的阐明以及治疗方法的寻找将大有帮助。另 外一方面，随着计算机技术的快速发展，计算机模拟已经成为越来越重要的不 可替代的角色。在本文中，我们使用分子动力学模拟方法研究了与神经退行性 疾病有关的肽片段聚集的相关问题：不同的序列对聚集的影响；单点突变对聚 集的影响；聚集过程中的成核和延伸机制，以及稳定纤维结构的因素。对于前 面三个问题我们采用oPEP简化蛋白质模型，对于最后一个问题我们采用全原子 蛋白质模型对其进行了研究。具体分七章： 第一章，我们对于蛋白质的结构，稳定蛋白质构象的基本相互作用，蛋白质 折叠与聚集以及与之相关的神经退行性疾病做了简单介绍。 第二章，简单介绍了有关分子动力学模拟的基本原理，力场以及一些基本的 分析方法原理。 第三章，我们使用OPEP简化模型力