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- 2015-10-25 发布于浙江
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基于模糊聚类方法的基因模型
【摘要】
本文为了找出癌症与正常样本在基因表达水平上的区别,根据给出的114个基因(观测指标), 前40个人的基因表达水平的样本数据(包括20个癌症患者样本的基因表达和后20个正常样本的基因表达)
第一类:{1,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,14,15,16,18,19,28,33,38,40}
第二类:{2,13,17,20,21,22,23,24,25,26,27,29,30,31,32,34,35,36,37,39}。
这个与已知1-20为癌症患者,21-40为正常样本的拟合率为80%。由于样本共有114个观测指标,若计算这114个指标的相似程度,则计算量过大且不够精准,故先对已有数据进行处理,结合散点图和统计量剔除影响不大的指标,从而将观测指标的数量减少到48个,方便了模型的建立跟计算。再根据这48个指标,利用相同的方法进行聚类,得到结果为:
第一类:{1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,14,15,16,18,19,33,38,40}
第二类:{13,17,20,21,22,23,24,25,26,27, 28,29,30,31,32,34,35,36,37,39}
这与已知1—20为癌症患者,21-40为正常样本的拟合度为85%,比原始数据直接聚类的结果提高了五个百分点。并且通过spss软件对数据进行聚类处理
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