钌(ⅱ)多啶类配合物与dna相互作用的对接方法研究.pdfVIP

钌(II)多吡啶类配合物与DNA相互作用的对接方法研究 论文题目：钌(II)多吡啶类配合物与DNA相互作用的对接方法研究 专业：物理化学 硕士生：陆海亮 指导老师：郑康成教授 摘 要 钌多吡啶类配合物与DNA相互作用已有大量的实验和理论研究，但由于计 算条件的限制，对配合物一DNA超分子模型的完全的量子化学计算尚未可能， 现时对这方面的理论研究仍处于单体分开的量子化学研究，或者作为整体的分子 力学模拟研究。因此，基于现时的计算条件，选择合适的模型与计算方法，对这 类配合物与DNA序列的作用规律和作用机理研究无疑是一项很有意义的前沿理 论研究工作。 和分子对接(Docking)相结合的方法研究其与错配DNA的作用规律。探讨了 沟插入选择性、结合能量和作用构象，并进一步研究该系列配合物的手性异构、 取代基的不同位置和分子内氢键对错配DNA键合性质的影响。计算结果能较好 系列配合物与错配DNA的键合规律、解释该类配合物与错配DNA作用有关的 主要实验现象，为生物活性配合物的分子设计、合成、配合物与DNA的作用机 理分析，以及在DNA介质中配合物间的电子传递及其效应的研究等提供理论化 学基础。所得结论如下： 中插入后体系的能量显著低于插入前的能量；而在正常配对的A5T5／T6A6位点， IV 钉(1D多吡啶类配合物与DNA相互作用的对接方法研究 的错配碱基对中，而不能插入到正常配对的碱基对中。 错配的A4G4／A5T5位点的结合能比其他位点的结合能大，这表明 190Kcal／mol， I明[Ru(phen)2(dppz)]2+在该位点应优先从小沟方向插入。 的相邻两对碱基对中间，且基本与碱基对平行，而两个辅助配体位于碱基对外。 整个DNA骨架由于主配体dppz的插入而伸长，碱基对间的距离增大为原来的 约两倍。 4．Docking计算的结合能与DFT计算结果相吻合，而且对接结果的构象也和 分子力学建模优化后得到的构象基本一致，很好地印证了模型的可靠性。 5．在分子探针特异性识别的错配DNA的A4G4／A5T5位点，通过分子力学、 p—hphp】与错配DNA键合的规律性，发现上述具有手性异构的六个配合物均能以 插入的方式键合到错配DNA的A4G4／A5T5位点中。 系列配合物与错配DNA作用的键合能倾向为： 风indi。g(△-[Ru(bpy)2(o-hpip)]2十) 玩i。di。g(△一[Ru(bpy)2(p—hpip)]肘)； 凰i。di。g(人一[Ru(bpy)2(o-hpip)]2十)风i。di。g(八一[Ru(bpy)2(m-hpip)]2+) Ebi。di。g(人一[Ru(bpy)2(p—hpip)]计) 该理论计算结果和实验所得到的键合常数相吻合。在 的键合作用强度最大。 沟插入到A4G4／A5T5位点时，从小沟插入的键合能均比从大沟插入的大 V 钌(1I)多吡啶类配合物与DNA相互作用的对接方法研究 100Kcal／mol以上，说明该系列配合物具有明显小沟选择性。 向插入的键合能发现，左旋异构体比右旋异构体的键合能的大；同在大沟方向插 入时，右旋异构体比左旋异构体的键合能的大。由于错配DNA的磷酸骨架在 A4G4／A5T5位点的小沟方向形成～个拱门状的弯曲，其凹陷部位正好与左旋 沟方向键合时，表现出左旋手性选择性。而从大沟插入到A4G4／A5T5位点时， 磷酸骨架螺旋方向正好和右旋△．[Ru(bpy)2L]2+系列配合物相吻合，空间位阻较 小，所以在A4G4／A5T5位点的大沟方向键合时，表现出右旋手性选择性。 物均能从小沟方向自动对接到错配DNA的A4G4／A5T5位点。而从大沟方向自 动对接到错配DNA的A4G4／A5T5位点存在一定困难，分