利用OWLS研二级结构对固液界面DNA杂交动力学的影响.pdf

㈨ll|11《删111ll㈣㈨圳㈣洲Ⅷ 892425 Y1 目 录 一、摘要 中文论著摘要……………………………………………．．1 英文论著摘要……………………………………………．．4 二、英文缩略语………………………………………………．．7 三、论文 前言……………………………………………………．8月U声……………………………………………………．8 材料与方法………………………………………………．9 实验结果………………………………………………．．10 讨论……………………………………………………17 结论……………………………………………………18 四、本研究创新性的自我评价…………………………………一．．19 五、参考文献…………………………………………………20 六、附录 综述……………………………………………………21 致谢……………………………………………………27 个人简介………………………………………………．．28 ·中文论著摘要· 利用OWLS研究二级结构对固液界面DNA 杂交动力学的影响 目 的 基因芯片技术自上世纪木诞生以来，取得迅速发展，并己广泛应用到了基因 表达谱分析、新基因发现、基因突变及多态性分析、基因组文库作图、疾病诊断 和预测、遗传病相关基因分析、药物筛选、基因测序、基因调控网络分析等多个 领域。尽管所有的基因芯片都是基于DNA链的杂交，但这种设计间的不同却产生 了较大结果差异。由于基因芯片复杂性较高，使得基因芯片的重复性差、特异性 不高。 OWLS(OpticalWaveguideLightmode Spectroscopy)提供了一个可调温度的杂 交平台，并能不断补充杂交损耗的靶序列分子，保证杂交液中靶序列浓度稳定。 且OWLS采用非标记的检测方法，连续检测杂交信号强度，避免引入其他因素干 扰杂交结果。另外，OWLS的传感器芯片与国内外生产的基因芯片的片基一致， 保证了我们实验结果的可信性。 本研究的目的是利用OWLS分析探针和靶序列的二级结构以及探针和靶序列 之间的错配对基因芯片杂交过程的影响。进而完善基因芯片设计方法，提高基因 芯片的重复性。 方 法 1、软件设计 设计3对具有不同二级结构的探针及靶序列，并用Mfold软件分析其二级结 构。 2、荧光标记法确定最佳杂交浓度 探针浓度的选择 分别将不同浓度的探针固定于芯片表面后，用59MCy5标记的靶序列进行杂 交1h后检测荧光信号强度。 靶序列浓度的选择 ． 用101aM的探针构建芯片后，分别用不同浓度的Cy5标记的靶序列进行杂交 1h后检测荧光信号强度。 3、化学法再生传感器芯片 分别用0．4％SDS和O．1％NaOH处理杂交后的传感器芯片，再杂交后检测荧光 信号强度。 4、光波导模式谱法(O、ⅣLS)监测传感器芯片 靶序列与固定在芯片表面的探针分别进行短时间杂交(O．5h)及完全杂交(大 于711)后，用OWLS检测传感器芯片表面探针结合靶序列的质量变化。 结 果 1、探针及靶序列的二级结构 应用Mfold软件成功预测3对探针及靶序列的二级结构。在37。C条件下，一 对探针及靶序列无固定二级结构；另一对形成较少的茎环结构；第三对形成较多 的茎环结构。 2、最佳杂交条件 探针的浓度确定为109M；靶序列的浓度确定为1pM。 3、传感器芯片的最佳再生条件 0．1％NaOH处理芯片0．