四倍体鲫鲤BA文库构建及其演化分析.pdf

中文摘要 异源四倍体鲫鲤(Allotetraploid 鲫(Carassiusauratusred L．，8)远 var．，早)与鲤鱼(Cyprinuscarpio 缘杂交首次在脊椎动物中人工培育的两性可育、遗传性状稳定的四倍 体鱼。目前该四倍体鲫鲤品系目前已繁殖到第18代，形成了一个庞大 的新型四倍体鲫鲤鱼群体，该群体的形成在鱼类演化和鱼类遗传育种 具有重要意义。研究表明，四倍体鲫鲤与其二倍体父母本在基因型和 表现型均发生了改变。因此，有必要从基因组和转录组水平对其生物 学特征进行较为系统的研究，并深入分析功能基因的筛选、遗传标志 的发现定位及经济形状与基因功能关联连锁确定。并可为鱼类多倍化 形成机制提供新的信息，最终为鱼类分子设计育种提供一个技术服务 指导性平台。 本研究对F18异源四倍体鲫鲤新品系进行TBAC文库构建及鉴 定，对F18四倍体鲫鲤、红鲫鱼和鲤鱼的肝脏转录组进行高通量测序 研究、并对转录组序列进行生物信息学分析，获得的主要研究结果如 下： l、首次构建新品系异源四倍体鲫鲤的BAC文库，该文库包含 43200个克隆。构建BAC文库采用全血细胞包埋琼脂糖法制备HMW DNA，经Hind III限制性酶切，脉冲场电泳(PFGE)分离选择获得 150。300kb的DNA片段，通过电洗脱和透析纯化HMWDNA，连接到 线性磷酸化的克隆载体PCClBAC上，转化到大肠杆菌中。对构建的 10．3 BAC文库进行质量鉴定评估，插入DNA片段大小在110kb之间， 平均插入片段大小为190kb左右，具有约2．6倍左右的基因组覆盖率。 获得的BAC文库克隆，保存在450块96孔板中，存放在一80℃冰柜备用。 所建立的BAC文库基本能满足功能基因筛选、基因定位、进化机制、 数量形状连锁分析及转基因等研究的需要。 2、异源四倍体鲫鲤、红鲫和鲤鱼的肝脏转录组测序共得到异源 四倍体鲫鲤原始数据1．2GB，红鲫原始数据934MB，鲤鱼原始数据为 1．1GB，用CLC BIO软件对F18异源四倍体鲫鲤转录组数据经基本处理 后产生Unigene数为9554条。 表达下调(109FC2，P0．05)。 径分析其功能差异。发现上调的基因主要在碳水化合物代谢、氨基酸 代谢、脂代谢和能量代谢作用途径中。GO分析表明，在分子生物学 功能层次中binding和catalyticactivity的差异基因占主要部分。在细 Ⅱ 次中，metabolic of process和regulationbiologicalprocess的差异表达 基因最多。 5、与红鲫的转录组及鲤鱼转录组进行SV(structurevariation)分 6+、对F18与红鲫和鲤鱼肝脏转录组进行SNP分析，首次发现：对 共发现有59436个。相比较于红鲫，F18与父本鲤鱼的遗传变异位点更 variant 多，证明了F18偏母性遗传的特征。其中A型转铁蛋白transferrin classI A和MHC antigen的变异位点较多，提示这两个基因在F18@发 生的变化较大，这可能对其抗逆能力的增加有作用。 I 7、TransferrinvariantA和MHCclass antigen的演化分析；从 transferrinvariant A构建的进化树可以看出，该基因F18更偏向红鲫， I class