计算机辅助分子计提高蛋白质热稳定性的研究.pdfVIP

摘要 酶作为天然的生物催化剂，具有高催化效率和高底物选择特异性的特点，在工业生产上拥有 巨大的应用潜力和良好的发展前景。但是许多酶分子对工业生产中热处理的耐受性较差，严重制 约了它们在工业生产中的应用。因此研究蛋白质的热稳定机制与通过理性设计提高蛋白质的热稳 定性一直是计算生物学及蛋白质r丁程领域中的一个研究热点。这对扩大酶的应用范围与探究蛋白 质结构和功能的关系均具有重要意义。 本研究中我们设计了两个策略分别从微观与宏观两方面分析确定了影响蛋白质热稳定性的 关键氨基酸，并以来源了：Ochrobactrum 利用实验来验证设计策略的有效性。 策略一为创新性的将分子动力学模拟应用到蛋白质热稳定性的研究中。其计算步骤主要包括 首先利用分子动力学模拟来寻找蛋白质活性中心以外的构象不稳定区段，查找构象不稳定区段内 部或其附近的柔性氨基酸(如甘氨酸)，并将这些柔性氨基酸突变为刚性氨基酸(如脯氨酸)，再 利用分子动力学模拟来验证这些突变对构象不稳定区段的影响，即对蛋白质热稳定性的影响。将 常不稳定，并且这些氨基酸不在蛋白质的活性中心，经序列分析发现在该区段的下游存在两个甘 维结构，再利用分子动力学模拟来验证这些突变的效果，发现只有突变G194P能明显提高区段 186—193的构象稳