病毒学的生物信学研究.pdfVIP

白E2s的分子对接 摘要 研究背景和目的戊型肝炎病毒是急性肝炎的重要病因，并且在孕妇感染时很容易 导致重症肝炎，具有较高的死亡率，死亡率高达20％。HEV基因组中的ORF2 编码单个结构蛋白，该蛋白能形成二聚体，并最终组装成为病毒衣壳。先前的研 11111的颗粒 究已发现截短的重组ORF2蛋白(aa368．606，p239)能形成直径为23 并能以类似病毒入胞的方式进入易感细胞内。在此基础上，我们首次报道了一个 A。 ORF2截短蛋白E2s(aa455．602)的晶体结构(PDB 3GGQ)，分辨率达2．0 该结构显示为一个内侧包含疏水孔的13桶状结构，进一步的实验表明这一结构正 好位于HEV衣壳的突出部位，很可能参与病毒感染过程中与细胞的相互作用。 许多细胞过程，包括钙库的调节、新生蛋白的转运、折叠和成熟。尽管Grp78 在参与病毒感染和复制方面的具体机制尚不清楚，但越来越多的证据表明在病毒 感染后中许多病毒蛋白能上调Grp78的表达。另外Grp78本身也能与病毒的蛋 白质结合并至少行使以下两种功能：促进蛋白折叠并组装成颗粒，纠正错误折叠 的病毒蛋白。细胞实验证明Grp78能在病毒感染后在细胞膜和内质网中检测到， 我们推测Orp78很可能参与了HEV的入胞过程。考虑到Grp78本身具有的多种 调节功能，其与HEV衣壳蛋白的结合可能在病毒感染周期中发挥了重要的作用。 族，PDB蛋白结构数据库中有许多该家族成员的晶体结构，根据这些模板构建 程序对模建结构评价并进一步修正，使用基于CHARMM力场的能量最小化对结 构进行收敛，使用Side．ChainRotamers对侧链进行调整，最后使用分子动力学对 结构进行优化以获得实际环境下的稳定结构。E2s的结构经过上述动力学方法优 分子对接，从Zdock的输出文件中，前1000个复合物被筛选出来进入下一步的 Rdock分析。综合Zdock分值，Rdock分值，并考虑E2s在HEVVLP上的相对 位置，选定一个最优复合物结构进行下一步分析。 Interaction Energy流程计算Grp78与E2s相互作用交界面氨基酸的相互作用能。 统计复合物在动力学达到平衡后的时间段内氢键的出现频率及其键长。分别测试 配对前的两个单体的SA和配对后完整结构的SAS，统计在结合部位溶剂可及表 面发生较大改变的氨基酸。利用InsightII的Delphi模块计算蛋白质分子的表面 静电势，将计算结果以静电势能的形式显示于分子的表面。利用LigPlot绘制交 界面的相互作用情况，分析E2s与Grp78之间的疏水作用情况。 结果同源模建具有较高的准确度，利用PDB蛋白结构数据库中的搜索工具，能 找到一些列与Grp78同属于一个家族的模板结构，平均序列一致性达到67％。 对模建结果的拉曼传强图的分析显示，结构仅有11个氨基酸(1．8％)位于最优 区域外。将profile．3D结果按照氨基酸残基和分值作图，可见模建结果在约400aa 处有一数值低谷，提示此处结构可能不够合理，但对模板lYUW的结构进行的 值仅为约O．65A，模建结构和模板一样都包含有N端结构域和C端结构域，二 者以链接区相连。 对接结果，从中选出6个ZDock和RDock分数排名均靠前的代表性结构作为候 碰撞情况，对这六个结构进行结合位阻的筛选并排除不合理的结构，最终选择 C035作为对接结果。复合物结构中E2s二聚体其中一个单体的凹槽区正对着 链接区保持相互作用。 复合物结构C035再次进行500 ps的分子动力学的优化，达到平衡后选取能 量值最低的结构进行蛋白相互作用的分析。能量优化后的E2s和c_玎p78的总能量 分别为．1513．23kcal／mol和．5968．34kcal／mol，而它们形成复合物后总能量为 ．7796．77kcal／mol，比二者能量之和还少．315．2kcal／mol。对复合物的氢键分析发 现一系列强作用力氢键，其中还包括两个三重氢键，这些氢键在Grp78和E2s 的相互作用上发挥了重要的作用。溶剂可及表面的分析也提示许多位于相互作用 界面的关键氨基酸。表面静电势的分析显示G