一个毛竹典型LTR转座子的克隆、鉴定及进化分析-论文.pdfVIP

第33卷 第3期 竹 子 研 究 汇 刊 V01．33．No．3 20 14年 8月 Aug．，20 14 JOURNALOFBAMBOORESEARCH 一 个毛竹典型 LTR转座子的克隆、鉴定及进化分析 周 敏，汤定钦，周明兵 (浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地，浙江 临安 311300) 摘 要 LTR反转录转座子普遍存在于植物界中。为了进一步了解 LTR反转录转座子及探索毛竹中 存在的可能具有潜在活性的LTR反转录转座子 ，研究借助毛竹基因组草图数据库，通过LTR．structure软 件分析得到一个典型LTR反转录转座子Ph—LTR1，并对其进行鉴定及插入时间的估算，结果表明 ． LTR1属于Ty3-gypsy类反转录转座子 ，其两端长末端重复序列同源性高达98．78％，插入时间约为47．9 万年，是一个 自身具备转座条件的年轻反转录转座子，并且极有可能具有潜在活性。采用同源性搜索方 法搜索到52条Ph—LTR1家族元件，并对这些元件结构及其所在基因组的位置进行分析，结果表明Ph— LTR1家族元件中存在大量缺失的元件，且Ph—LTR1家族元件偏向分布于远离基因的区域。研究结果为 后续具有潜在活性的LTR反转录转座子转化拟南芥实验奠定了基础 ，Ph．LTR1家族元件结构及进化分 析促进了对于LTR反转录转座子在基因组进化角色的认识与理解。 关键词 毛竹；LTR反转录转座子；Ph—LTR1；活性；进化 Cloning，Characterization andPhylogeneticAnalysisofa TypicalLongTerminalRepeatRetr0transp0s0nin PhyllostachysheterocyclaCV．pubescens ZHOU Min，TANG Ding-qin，ZHOU Ming—bing (TheNurturingStationoftheStateKeyLaboratoryofSubtropicalSilviculture， ZhejiangA＆FUniversity，Linan311300，Zhejiang，China) Abstract LTR Retro—transposonswere widely distributed in plant． In order to further understandLTR Retro--transposonsand exploreLTR retro-·transposonswithpotentialactivityin PhyUostachysheterocycla cv．pubescens，atypicallongterminal repeatretro·transposon named Ph-LTR1from Phyllostachysheterocycladraftgenomedatabasehasbeen identifiedbyusing LTR—structuresoftware．StructureanalysisshowedthatPh·LTR1belonged toTy3一gypsyretro— transposon．ThehomologyofthelongterminalrepeatofPhLTR amountedto98．78％ andits insertiontimewas0．479millionyears．Ph—LTR1wa