基于R语言光释光年代学数据处理程序包numOSL程序设计与应用实例分析.pdfVIP

中国沙漠 (Journal of Desert Research) .2015. 基于 R 语言的光释光年代学数据处理程序包 numOSL 程序 设计及应用实例分析 1 1 2 3 2 彭俊 ，董治宝 ，韩凤清 ，隆浩 ，刘向军 (1.中国科学院寒区旱区环境与工程研究所 中国科学院沙漠与沙漠化重点实验室, 甘肃 兰州 730000; 2.中国科学院青海盐湖研究所, 青海 西宁 810008 ；3.中国科学院南京地理 与湖泊研究所，江苏 南京 210008) 摘 要 : 光释光测年是测定第四纪沉积物年代的常用方法，年代数据分析与可视化是释光测 年过程的重要环节 。本文使用开源 R 程序语言开发 了光释光年代学数据分析程序包 numOSL，该程序包是发布于 R 软件官方网站的标准程序包之一，其设计旨在提供一款可用 于释光年代学数据分析的实用软件包。该程序包以R 软件为运行平台并以Fortran 语言编写 核心运算程序，在设计上同时兼顾了程序的流动性、算法稳定性与实用性，其内容涵盖了光 释光年代学数据常规数值分析的各个方面，如生长曲线非线性优化、等效剂量计算及蒙托卡 罗误差估计、衰减信号曲线分解、快组分等效剂量计算、统计学年龄模型的极大似然估计与 马尔科夫链蒙托卡罗采样等。本文对光释光年代学数据分析的常用算法及R 程序包 numOSL 的主要数值分析功能做了简要介绍，并通过具体应用实例展示了该程序包的用法。 关键词：光释光测年; 数据分析; R 程序包 numOSL; 等效剂量计算; 衰减曲线分解; 快组分 等效剂量；年龄模型优化 1 引言 [1] 释光测年 是测定第四纪沉积物常用的常用测年法。近年来，释光测年在测量仪器 (如 Risø 释光仪) 与技术方法 (如单片再生剂量法) 上的迅猛发展使其得到普遍应用，被广泛用 于各种类型 (如沙漠、河流、湖泊、冰川等) 沉积物年代测定[2-4] 。除了仪器与技术的发展， 目前通用的年代学数据处理软件 (如软件 Viewer、Analyst 等) 的开发实现了测量数据的可视 化与批量处理，大大提高了数据分析的效率。首先，可靠的数据分析结果是对年代学数据进 行合理解释的基础，数值分析方法如非线性参数优化与极大似然估计是光释光数据处理中常 用的方法。如指数生长曲线的建立与衰减信号曲线的分解都要用到非线性参数优化技术，统 计学年龄模型优化常用到极大似然估计法等，这类算法的主要缺点在于其结果对参数的初始 值较为敏感，常常需要使用不同的初始参数反复运算才能确定最佳参数组合，而对于如何确 定最佳优化参数，目前的通用软件 (Analyst) 没有做太多考虑，这是本文程序包要解决的问 题之一。其次，随机模拟技术近年来也被广泛应用于年代学数据分析，如等效剂量的蒙托卡 罗误差评价与年龄模型的马尔科夫链蒙托卡罗采样等都需要进行大量的模拟计算，因此实用 高效的数值程序对于提高优化效率与结果的可靠性极为重要，本程序包在设计上通过混合编 程极大提高了这些算法的运算效率。此外，软件Analyst 主要用于基本的数据操作处理如数 据的导入与导出，等效剂量计算与绘图等，诸如衰减信号曲线分解及统计学年龄模型估计等 问题尚需通过其他独立软件 (如 SigmaPlot, Matlab 等) 实现。本程序包的设计旨在提供一款 涵盖释光年代学数据常规数值分析的各个方面的实用程序包，为释光年代学数据分析提供便 利。 [5] R 语言是一款开源程序语言 ，被广泛应用于统计模拟、数据挖掘等。R 程序语言的第 一个显著特点是开源并且完全免费，广泛的用于自然与社会科学的各个分支；R 语言的第二 个重要特点是支持向量化运算及面向对象程序设计，因此程序的流动性很强；此外，R 还提 供了与其它程序语言如 Fortran 、C++ 之间连接的接口，易于实现与其他程序语言间的交互 编程。R 程序包 numOSL[6] 在设计上兼顾了程序的流动性与算法实用性，旨在提供一款可 进行光释光年代数据分