《一种基于分子动力学模拟来识别GPIbα与vWF-A1结合面上重要残基的新方法.》.pdfVIP

医用生物力学 第 28卷 第6期 2013年 12月 JournalofMedicalBiomechanics，Vo1．28 No．6。Dec．2013 文章编号：1004-7220(2013)06-0606-09 一 种基于分子动力学模拟来识别 GPIba与 vWF．A1结合面上重要残基的新方法 窦甜甜 ， 吴建华 ， 刘广建 ， 方 颖 (华南理工大学 生物科学与I程学院，广州 510006) 摘要 ：目的 发展一种识别受体与配体相互作用中关键氨基酸残基的计算机新方法。方法 GPIba／vWF—A1的晶 体结构取 自PDB数据库；利用 自南分子动力学模拟，观察GPIba／vWF—AI复合物结合面上的盐桥和氢键的形成和 演化 ；利用分析计算得到的这些盐桥和氢键的生存率的高低，作为度量相互作用残基对之重要性的判据。结果 在GPIba／vWF—A1的结合面上，GPIba的21个残基和vwF—A1的21个残基显著参与了GPlba和vwF—Al问的相互 作用，这些残基巾的20个已得到突变实验的证实。结论 该方法能较好地预报和识别受体一配体相互作用中的关 键残基，并可为传统的氨基酸残基突变实验和抗凝血栓药物设计提供指导。 关键词：分子动力学模拟；关键残基；受体；配体 中图分类号：R318．O1 文献标志码 ：A A novelapproach foridentifyingthecriticalaminoacidresidueson binding site of GPIb(~ and vW F-A1 domain through molecular dynamicssimulation DOUTian-tian。WUJian-hua， LIUGuang-jian， FANGYing(SchoolofBioscienceandBioengi- neering，SouthChinaUniversityofTechnology，Guangzhou510006，China) Abstract：Objective TodevelopanovelcomputermethodforidentifyingthecriticaIaminoacidresiduesinthe receptor．1igandInteractions．Methods GPlbe~／vWF—A1crvstalstructurewastakenfrom ProteinDataBank(PDB codelSQ0)．Freemoleculardynamicssimulationswereperformedtoobservetheformationandevolutionofhy— drogenbondingandsaltbridgeonthebindingsitesofGPlbaandvW F—A1bVVMD．A residueinteractionindex， whichwasscoredwiththesurvivaIratiosofsaltbridgesand／orhydrogenbondsinvolvedininteractionofaresidue toother(s)．wasusedasacriterionoftheresidue’sroleininteractionbetweenthereceptorandligand．Results Intheinterface．2lresiduesinGPlba and21residuesinvW F—A1were significantlyidentifiedtoparticipate in theinteractionbetweenGPlbaandvWF-A1：20ofthese42keyresidueswereverifiedbypreviousmutagenesis experiments．Conclusions ThisnoveIapproachisusefuIforcomputationallyidentifyingthekeyresiduesinvolve