《一种新的基于多数据源的蛋白质复合物识别算法.》.pdfVIP

第31卷 第4期 计算机与应用化学 Vo1．31，No．4 2014年 4月 28日 ComputersandAppliedChemistry April28，2014 一 种新的基于多数据源的蛋白质复合物识别算法 胡伟，汤希玮 (湖南第一师范学院信息科学与工程系，湖南，长沙，410205) 摘要：蛋白质复合物是许多生物过程得以实现的基石。蛋白质相互作用数据中的假阳性和假阴性对各种识别蛋白质复合物的计 算方法有不良影响。为了解决这一问题，1种新的蛋白质复合物识别算法(ICMDS，IdemifyingComplexesbasedonMultipleData Sources)被提出。该方法整合基因表达谱、关键蛋白质信息和蛋白质相互作用3种生物数据进行蛋白质复合物的挖掘。首先， ICMDS重新定义了2个相互作用的蛋白质之间的功能相似性( FunctionalSimilarity)。然后，ICMDS选择 已知的关键蛋白质 作为种子构建蛋白质复合物。为了消除冗余的复合物，ICMDS算法也设计了冗余过滤子程序。另外，ICMDS也使用非关键蛋 白质作为种子并将之扩展为蛋白质复合物。实验结果表明ICMDS识别蛋白质复合物的能力明显优于其他计算方法。 关键词：蛋白质相互作用网络；关键蛋白质；基因表达谱；蛋白质复合物识别算法 中图分类号：TP301．6 文献标识码：A 文章编号：1001—4160(2014)04．451．456 D0I：10．117l9／corn．app．che 1 引言 要引入其他生物数据源。 本文 目的是将多种生物数据 (基因表达数据、关键 蛋白质复合物是许多生物过程得以实现的基础，它 蛋白质数据和蛋 白质相互作用数据)整合在一起并利用 们产生各种分子机制以执行大量生物功能。后基因组时 蛋白质复合物的内在组织特性从蛋 白质相互作用网络中 代，最大的挑战之一就是从蛋白质网络中识别蛋 白质复 识别复合物 。为 了实现这一 目标 ，一个名为 ICMDS 合物。目前，研究人员主要利用计算方法预测蛋 白质复 (PredictingComplexesbasedonMultipleBiologicalData 合物。 Sources)的算法被提出。 随着各种生物技术的发展，大量蛋白质相互作用数 据被产生。成对的蛋白质相互作用能被建模为 1张网络， 2 方法 其中网络中的节点代表蛋白质，网络中的边代表蛋白质 成对蛋 白质之间的相互作用能建模为简单图，图中 之间的相互作用。蛋 白质复合物在蛋白质相互作用网络 节点表示蛋 白质 ，边表示蛋白质之间的相互作用。蛋 白 中有类似的对应物。它就是网络中的密度子图…。因此就 质复合物对应蛋白质相互作用网络中的密度子图。边聚 有可能使用图论的方法从网络中挖掘密度子图，从而预 类系数ECdH用于测度 图中的边聚类在一起的程度，其 测蛋 白质复合物 。过去 10年，许多基于图论的蛋白质复 定义如下： 合物预测方法先后出王见I 。但是，由于实验条件和环境