蛋白质相互作用预测方法研究和蛋白质超二级预测系统的开发.pdf

摘 要 摘 要 蛋白质间相互作用以及蛋白质构象和功能等问题已是后基因组时代的重要 课题。伴随着高通量的实验手段的出现，生物学数据在量上急速增长。海量的生 物学数据迫切需要我们发展计算学方法来研究蛋白质间相互作用以及蛋白质构 象和功能。本文正是从计算学的角度来研究蛋白质相互作用和蛋白质的超二级结 构预测。本文的工作主要包括以下几个方面： （1）我们提出了一种仅基于蛋白质序列信息的蛋白质相互作用预测方法。 我们从蛋白质序列出发，通过将一种有效的氨基酸分类方法与区域编码方法相结 合构成了本文中的区域蛋白质序列编码方法。我们提出的这种新的蛋白质序列编 码方式能够充分地捕获序列上多个重叠的连续和间断的残基结合模式，从而更精 确的描述了蛋白质相互作用信息，因为蛋白质相互作用的一个重要特征是相互作 用经常发生在序列上的间断区域，在这些区域中，那些序列上相距较远的残基通 过蛋白质的折叠从而在空间上相距很近。我们提出的区域蛋白质序列编码方法与 最近邻算法相结合的蛋白质相互作用预测模型在酿酒酵母蛋白质相互作用数据 集上有着优异的表现。对于独立数据集大肠杆菌蛋白质相互作用数据集的预测结 果表明我们提出的区域蛋白