随机文法在RNA二级结构预测中的应用的研究.pdf

摘要 RNA是一类重要的生物大分子，对RNA二级结构的研究是当今 计算分子生物学的一个前沿课题。RNA单链由四种碱基(A、c、G、U) 排列组成，RNAZ．级结构是指EhRNA单链通过自身回折而形成部分 碱基配对和单链交替出现的茎环结构，当RNA单链中碱基出现交叉配 对现象时就构成假结。RNA的功能与其二级结构密切相关。 本文采用随机文法的方法预测RNA的二级结构。随机文法方法把 RNA序列看成是具有一定语法规则的语句，通过这些语法规则来分析 RNA序列中存在的碱基配对关系，也就是它的语义，从而得到该序列 的二级结构。由于它是一种基于已有序列的先验知识的方法，需要拥 有一定数量的相关序列样本，而且需要确保这些序列具有某些一致的 二级结构和一些共同的基本结构单元。这样就能通过一种概率模型， 把序列样本所具有的保守二级结构的统计信息加以利用，使预测结果 具有很高的精度。通过扩展随机上下文无关文法使这种方法能考虑 RNAZ．级结构中假结的存在，预测结果将更加真实，而单纯的最小自 由能方法是无法预测假结的。本文提出了一种语法二次分析的预测方 法，先采用词条方法对RNAZ-级结构进行预处理，将RNA序列划分 成词条结构，再使用随机文法模型利用已获得的词条结构信息识别出 各{中RNA的二级结构。 关键词 随机文法，RNA，二级结构，结构预测，假结 ABSTRACT RNAisan the important biologicalmacro—molecular,thus problem of RNA structuresisahot inthe predictingsecondary topic current researchfieldof molecular isa strand computational biology．RNAsingle madeoftheribonucleotides fold U(uracil)．RNA overontothemselvestoform sequences double。strandedofbase and strand regions pairings called unpairedsingle RNA structure secondary whichlikea structure．When stem-loop of onRNA crossingpatterns callit base-pairingsappear sequence，we structuresare inthe formingpseudoknots．RNAsecondary important molecular mechanismstheirfunctions involving In