南海海域常见笛鲷SSRCyt+b基因PCR测序的分析.pdf

摘 要 本研究采用两种分子遗传标记的方法分析南海海域常见笛鲷的遗传多样性及 系统分化。 （一）采用微卫星DNA-PCR-聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，从 20 对已发表的西 大西洋笛鲷的微卫星引物中，筛选能用于红笛鲷、约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷 基因组分析的微卫星引物，分析四种笛鲷的遗传多样性及遗传距离。 1. 经过反应条件的优化，共筛选得到 17 对适用的微卫星引物。其中 16 对（80% ） 能在约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带，分别 有65%、65%、60%表现出种内多态；筛选到 15 对（75% ）能在红笛鲷中扩增出重复 性好的特异性条带，并且全部呈现出种内多态。 2. 筛选到的 17 对微卫星引物中，引物 2 只在约氏笛鲷群体中能扩增出稳定的 特异性条带；可作为约氏笛鲷的特异性分子标记；引物17在紫红笛鲷、勒氏笛鲷、 约氏笛鲷群体中都能稳定扩增，得到特异性条带，而在红笛鲷中却不能可作为红笛 鲷与其他三种笛鲷区分的特异性分子标记。 3. 本研究中，低度多态基因座占可用引物的 26.76% ；中度多态基因座占可用 引物的 28.55% ；高度多态基因座占可用引物的44.69% 。四种笛鲷检测的 14 个微卫 星位点中，平均杂合度总体上水平较大，如 Loc15 为 0.638～0.766，Loc1 为 0.522～ 0.798，说明其多态性较高。 4. 用 D 和 D 两种方法计算四种笛鲷的遗传距离，并构建系统分化树。Ds 计 s A 算的结果为 勒氏笛鲷与紫红笛鲷的遗传距离最远，为 0.5265 ；红笛鲷与紫红笛鲷 的遗传距离最近，为0.2908 ；其他的在0.3317-0.5112 之间。DA 计算的结果为，勒 氏笛鲷与紫红笛鲷的遗传距离最远，为 0.5014 ；红笛鲷与紫红笛鲷的遗传距离最近， 为 0.3885 ；其他的在0.3950-0.4566 之间。根据 Ds 和 DA 两种方法算出来的遗传距离 构建的系统分化树是基本一致的。 （二）采用PCR-DNA 测序技术，对红笛鲷、约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷 细胞色素 b （Cyt b）基因部分序列进行分析。 1. 通过 BLAST 比较显示扩增得到的序列与GENBANK 中的其他种的 Cyt b 基 因序列有很好的同源性，表明所得的序列为目标序列。向GENEBANK 递交四种笛 鲷的 Cyt b 基因部分序列，序列号为红笛鲷：AY590146 ，约氏笛鲷：AY590147 ，勒氏 笛鲷：AY501369 ，紫红笛鲷：AY590148 。 2. 序列碱基组成的结果显示，总体上 C 的含量明显高于 A 、T、G ；G 的含量 最低；%A+T 与%C+G 大致均衡。本研究中四种笛鲷的种间碱基组成差别不大。四 个种的 Cytb 基因部分序列的碱基置换为 TS=153，TV=101，频率R=1.52 。 3. DNA 同源度处于在 86.4%～88.2%之间，同源度较高。从系统树可见红笛鲷 与紫红笛鲷的遗传距离最近，聚为一支，其次是勒氏笛鲷，约氏笛鲷最远。结果与 微卫星 DNA 分析出来的 NJ 树不一致，但是与本实验室肖翔利用线粒体 DNA 限制 II 性片段长度多态（mtDNA-RFLP ）构建的系统分化树是一致的。这说明线粒体在遗 传分化上与基因组 DNA 的进化速度存在一定的差异，而 mtDNA-RFLP 方法和 mtDNA PCR-测序方法的研究结果一致证明了此研究的可靠性和稳定性。 关键词： 笛鲷 微卫星 DNA 细胞色素 b 序列测定 遗传多样性 III 湛江海洋大学学位论文独创性声明 本人声明：所呈交的论文是我个人在导师指导下，独立进行研究工作所取得的 研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他 人或集体已经发表或撰写过的研究成果。对本文研究做出重要贡献的个人或集体， 均