密码对的使用和基因组进化.pdf

密码对的使用与基因组进化 摘要 密码子水平的生物信息学分析是研究基因组进化、蛋白质功能以及遗传和环境相 互作用等课题中的一个重要环节。已知同义密码子的使用是非随机的。正如密码子的 使用一样，两个紧邻的密码子，即密码对的使用也是高度偏好的，这种偏置现象在原 核和真核生物中都广泛存在。为了探寻基因组中密码对使用的进化约束，本文分析了 不同进化水平生物基因组密码对使用的规律，主要研究结果如下： 1．以10种真核、60种细菌和40种古菌生物基因组为样本，分析了编码序列 中密码对和基因间序列中三联体对的相对模式数随频数的分布(DNM)，验证了这种 分布符合r0，∥)分布；通过研究r仁，∥)分布的形状参数口值，发现其与生物基因组进 化存在明显的相关性；编码序列与基因间序列的进化方式截然不同。对编码序列，从 古菌、细菌到真核生物口值逐渐增大，即口值将生物分成三类：古菌，细菌，真核生 物。对基因问序列，口值将生物分成两类：一类是细菌，另一类是古菌和真核生物。 这个结果显示密码对上下文关系包含了生物进化的信息，暗示真核生物、细菌和古菌 在调节基因组一级结构进化压力方面存在基本区别。 2．提出了一种以密码对使用偏好性和密码对中二核苷酸频率分别构建系统发育 树的基因组相似性分析方法。发现以40种模式生物基因组中密码对的二核苷酸频率 构建的系统发育树，明显将生物按进化分成三类，即细菌，古菌，真核生物；用密码 对使用偏好性为指标构建的系统发育树与基于密码对中二核苷酸频率的系统发育树基 本一致。结果表明反映生命进化信息的密码对中二核苷酸组分是密码对偏好的决定因 i 素之一。 3．分析了基因组组分极其偏向的厌氧性粘菌和立克次氏体基因组中密码对的使 用。发现它们前导链与滞后链密码对的使用偏好性存在差异。这表明密码对的搭配受 到链的特异性影响。这些特性可能包括：基因方向性偏好、密码子使用偏好、密码子 的前后文关系等。因此，造成以上两物种DNA双链间密码对使用不对称的原因可能 是DNA链特异的突变偏好性和在复制、转录、翻译水平上的自然选择约束。 4．鉴于伽玛分布的形状参数口值与基因组进化存在相关性，首先，以5种真核、 15种细菌和10种古菌生物基因组为样本，对密码对使用偏好性指标厂与密码对随 基因组进化的指标口之间作相关性分析，发现部分密码对的，．值与口值之间有显著的 线性关系。其次，分析了密码子第三位点与紧邻密码子第一位点的二核苷酸(cP3cAl) 使用，结果表明这两个位点二核苷酸使用有显著差异。最后，分析了三类生物中密码 对的偏好与稀有模式，发现它们都有各自偏好与稀有的密码对模式。以上结果进一步 肯定了密码对的使用与基因组进化存在相关性。 码对的使用，发现其密码对的使用有很强的偏置，在全基因组中有5．2％的密码对模 式是缺失的。分析结果表明其密码对的偏好性至少可能是三个方面的压力的结果：基 因组局部及整体的GC含量，密码对中二核苷酸的组分，二肽的保守水平。 关键词：密码对使用；三联体对使用；r仁，∥)分布；基因组进化；系统发育树； 二核苷酸；系统聚类；前导链；滞后链；不对称性 CoDoN．PAIRUSAGEANDGENoMEEVoLUTIoN ABSTRACT Codon andits inbioinformaticsand studiesare analysis application evolutionary issuesfor the functionand evolution，protein important investigatinggenome between andenvironment．Itiswellknownthat codon is genetics synonymoususage codon