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蛋白质分子建模与设计  Protein Modeling and Design  Biology/Chemistry of Protein Structure Primary Secondary Tertiary Quaternary Protein Folding 蛋白质分子设计的流程 Pr突变体设计的3个步骤 所有内部的氢键都是最大满足的（主链和侧链）。蛋白质的氢键形成涉及一个交换反应，溶剂键被蛋白质键所取代 疏水及亲水基团需要合理的分布在溶剂可及表面及不可及表面。分布代表疏水效应的主要驱动力 最优的aa侧链几何排列。Pr侧链构象由空间两个立体因素所决定(一是立体势垒，二是aa的位置) 结构及功能的专一性。这是Pr设计最困难的问题 一、蛋白质分子设计的分类 设计的目的主要有两个： 一是为有目的的蛋白质工程改造提供设计方案和指导性信息，如以此提高蛋白质的热、酸稳定性，增加活性，降低副作用，提高专一性等； 二是探索蛋白质的折叠机理，如简单蛋白质骨架的从头设计是研究蛋白质内相互作用力的类型及本质的很好途径，也为解决蛋白质折叠问题寻找定性和定量的规律。 （一）蛋白质分子设计的层次 分为两个层次： 一是在蛋白质三维结构已知基础上的分子设计 ； 二是在三维结构未知的情况下，借助一级结构序列信息及生物化学性质进行分子设计工作。 （二）蛋白质分子