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摘要
近年来,许多作者利用宏观动力学模型和微观分析方法研究了DNA等生物大
分子的动力学性质,如利用弹性杆Kirchhoff模型研究其超螺旋结构和接触的力学性
质,利用WLC模型研究其在细胞核中的Brown运动等。由于大分子的超细长特点,
在运动中同时表现出宏观和微观的性质,因此,本文尝试将宏观动力学和微观的随
机模拟方法结合起来,建立相应的动力学模型和数值分析方法。同时,针对随机模
拟中通常采用低阶方法,模拟精度低的情况,建立了高阶的数值计算公式。
本文得到的主要结论有:
用Fourier方法对离散方程的扩散项近似,形成强一阶的数值算法。强一阶算法的每
一步需要对扩散矩阵D作Cholesky分解,并计算分解矩阵的导数。由于三角分解无法
得到解析结果,各偏导数的计算非常复杂,成为其在WLC模型数值模拟中应用的
障碍。由于矩阵D的偏导数具有简洁的解析表达式,本文利用矩阵D的偏导数和矩
阵召,建立了计算曰的各偏导数的紧凑计算公式,使得强一阶算法可以方便地应用于
WLC模型的随机模拟。最后,利用所导出的算法模拟了该模型在拉伸流中的随机运
动,并给出相应的分析。
(2)为了模拟DNA大分子在细胞核液体中的随机漂移,我们将微观粒子随机
模拟的方法应用于弹性杆的动力学模型,推导出弹性杆在液体环境中受到随机力作
用的随机微分方程。通过对时间f作数值离散,得到关于弧长s的半离散格式。进而
通过对半离散格式作Ito.Taylor展开,得到强一阶的数值算法。利用上述模型和算法,
模拟出弹性杆的随机漂移。为DNA大分子在液体环境中运动轨迹的仿真和分析提
供了一类新的模型和方法。
关键词:弹性杆;随机漂移;强一阶随机模拟方法;矩阵分解
Abstract
Inrecent authorsstudiedthe of
years,many dynamicalproperties
biological
asDNA
macromoleculessuch classicalof aswellasstochastic
byusing theorydynamics
simulation.For Kirchhoffonelasticrodhas
theory beenusedto the
example,the analyze
structureofDNAandtheWLCmodelhas to
supercoiled been simulatethe
adopted
stochasticdriftofaDNAmolecularin a slenderelastic
liquid.Beingsuper structureof
indiameterandseveralcentimetersin DNAmolecularshowsbothmacro
2np length,a
andmicro whilein new both
motion.Therefore,amodel,benefited
properties dynamical
fromcla
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