1株快速增殖的HAV分离株基因型分析.pdfVIP

传染病信息 2015年O6月30日 第28卷 第3期 InfectDisInfo，Vo1．28，No．3，June30，2015 ．155． 1株快速增殖的HAV分离株基因型分析 白冰珂，胡 燕，邬顺全，姜棋予，杨瑞创，柴燕涛，李瑞生，侯 俊 摘【要】 目的 确定 1株快速增殖 HAV临床分离株HAV302的基因型及其特点。方法 提取培养病毒 RNA模板 ，通 过反转录一聚合酶链反应技术扩增该病毒编码区基因并行序列测定，随后利用序列分析软件对其进行序列分析和基因型比 对 。结果 HAV302株VP1／2A区基因序列与 GenBank中收录的HAV I型中的 IB亚型MBB株核苷酸同源性最高(99_4％)。 进化树分析显示，HAV302株与MBB株亲缘最近。与 MBB株相比，非结构蛋白编码区中的2B和2c区在整个病毒的编码区 中变异最大。结论 HAV302株属于HAV I型中的IB亚型，其2B和2c区的变异可能是导致病毒快速增殖的原因之一。 [关键词】序列分析；甲型肝炎病毒；基因型 [中国图书资料分类号】 R373．21 [文献标志码]A [文章编号】 1007—8134(2015)03—0155—05 Analysisofthegenotypeofafa．st—duplicatedHAV strain BAIBing—ke，HUYan，WUShun-quan，JIANGQi-yu，YANGRui—chuang，CHAIYan-tao，LIRui—sheng，HOUJun ExperimentalResearchSuppo~Center，302HospitalofPLA，Beijing100039．China Correspondingauthor．LIRui—sheng，E—mail：lrsheng@sohu．com；H0UJun，E—mail：Houj302@163．com [Abstract] 0bjecfive Todeterminethegenotypeand itscharacteristicsofHAV302．aclinicalisolatedstrainoffast duplicatedHAV．M ethods TheRNA templateofHAV302wasextracted，andthegeneoftIlecodingregion ofHAV302was amplifiedbyRT—PCR andsequenced．Thesequenceanalysisand genotypecomparisonwerecarriedoutbyDNA STAR sequence analysissoftware．Results ThegenesequenceoftheVP1／2A regionofHAV302straindemonstratedahighesthomologyf994％1with thenucleotidesequenceofMBB strainofHAV subtype IBfrom GenBank．ThephylogenetietreeanalysisshowedtllatHAV302 strainhadthenearestgeneticrelationshipwithMBB strain．Comparedwith MBB strain．the2B and2Cregionofthenon—structural proteincodingregionofHAV302hadthegreatestmutation．Conclusions HAV302belongstosubtypeIBofHAVI．11hegeno— variationofits2Band2CregionmaybeoneofthereasonsforfastduplicationofHAV． K【eywords】 sequenceanalysis；hepatitisAvirus；genotype HAV属于小 RNA病毒科嗜肝病毒属，其基因 购 自Invitrogen公司 (美国英骏公司)，T载体购 自 组为单股正链RNA，全长约7500个核苷酸。HAV Promega公司(美国普洛麦格公司)，其他试剂均为 开放读码框架编码一个大的前体蛋白，在病毒蛋白