生物化学 第五章 蛋白质三维结构.ppt

台州学院生命科学与医药化工学院 柯世省 一、研究蛋白质构象的方法 共价键与非共价键 蛋白质分子中的共价键有肽键和二硫键，决定蛋白质分子的化学结构（稳定蛋白质构型的作用力）。是生物大分子分子之间最强的作用力，化学物质（药物、毒物等）可以与生物大分子（受体蛋白或核酸）构成共价键。 而非共价键（又称为次级键或分子间力）决定生物大分子和分子复合物的高级结构即决定构象的作用力，在分子识别中起着关键的作用。 共价键和次级键键能对比 肽键 二硫键 离子键 氢键 疏水键 范德华力 （一）酰胺平面与α－碳原子的二面角 肽键的所有4个原子和与之相连的两个 Cα均在同一平面内 C=O与N-H呈反式排列，键长，键角固定 C-N具部分双键性质，不能自由旋转 Cα-N1，Cα-C2单键，可自由旋转 扭角的定义 由四个原子组成的系统 A D B C A—B 与C—D键分别投影在与B—C键相正交的平面上， A—B 与C—D间的夹角称为A与D相对于B—C键的扭角。也可看作ABC平面与BCD平面之间的夹角，记号为θ(Ai,Bj,Ck,Dl )或略记为θ(Bj,Ck ) 量值为±180°（顺时针旋转为正） 当Φ的旋转键Ni-Ciα两侧的Ci-1-Ni和Ciα -Ci呈顺式时，规定Φ=0。 当Ψ的旋转键Ciα -Ci两侧的Ni-Ciα 和Ci -Ni+1呈顺式时，规定Ψ=0。 ?-螺旋 纤维状蛋白质的类型 纤维状蛋白质可分为不溶性(硬蛋白)和可溶性二类，前者有角蛋白（α-角蛋白特征富含胱氨酸、β-角蛋白特征不含胱氨酸或半胱氨酸）、胶原蛋白和弹性蛋白等；后者有肌球蛋白和纤维蛋白原等，但不包括微管(microtubule)、肌动蛋白细丝(actin filament)或鞭毛( flagella)，它们是球状蛋白质的长向聚集体(aggregate)。 电子显微镜下的人体头发 角蛋白分子中的二硫键 胶原蛋白—一种三股螺旋 胶原蛋白或称胶原(collagen)是很多脊椎动物和无脊椎动物体内含量最丰富的蛋白质，它也属于结构蛋白质，使骨、腱、软骨和皮肤具有机械强度。胶原蛋白至少包括四种类型，称胶原蛋白I、H、HI和IV（至Ⅻ）。下面主要讨论胶原蛋白I。 腱的胶原纤维具有很高的抗张强度(tensile strength)，约为20-30kg／mm2， 相当于12号冷拉钢丝的拉力。 骨铬中的胶原纤维为骨骼提供基质，在它的周围排列着羟基磷灰石(hydroxyapatite)[磷酸钙聚合物Ca10(PO4)6(OH)2]结晶。脊椎动物的皮肤含有编织比较疏松，向各个方向伸展的胶原纤维。血管亦含有胶原纤维。 胶原蛋白在体内以胶原纤维的形式存在。其基本组成单位是原胶原蛋白分子(tropocollagen)，长度为280nm，直径为1.5nm，分子量为300000。 原胶原蛋白分子经多级聚合形成胶原纤维。在电子显微镜下，胶原纤维呈现特有的横纹区带，区带间距为60-70nm，其大小取决于胶原的类型和生物来源； 原胶原蛋白分子在胶原纤维中都是有规则地按四分之一错位，首尾相接，并行排列组成纤维束。 由于原胶原肽链上残基所带电荷不同，因而电子密度不同，这样通过1／4错位排列便形成间隔一定的（大约70nm)电子密度区域，而呈现模纹区带。 原胶原蛋白分子即胶原蛋白的二级结构是由三条肽链组成的三股螺旋，这是—种右手超螺旋结构。螺距为8.6nm，每圈每股包含30个残基。 其中每一股螺旋又是一种特殊的左手螺旋，螺距为0.95nm，每一螺圈含3.3个残基,每一残基沿轴向的距离为0.29nm。 胶原三股螺旋只存在于胶原纤维中。至今没有在球状蛋白质中发现，二面角（Φ、Ψ）值基本上分布在-60度和+140度。 组成原胶原蛋白分子的?肽至少有五种，?l(I)，?l(II)，?l(III)，?1(IV)和?2。胶原蛋白I是由两条?1(I)和一条?2组合而成的三螺旋，[?1(I)]2 ?2 。这五种肽链氨基酸顺序不同，它们的分子量介于95000到100000之间，含1000个残基左右. 一级结构分析表明，?肽链的96%都是按三联体的重复顺序：(g1y—x—y)n排列而成。Gly数目占残基总数的三分之一x常为Pro，y常为Hpro(羟脯氨酸)和Hlys（羟赖氨酸）。 稳定原胶原三螺旋的力，要求：三联体的每第三个位置必须是Gly 胶原纤维中的交联结构 （五）肌球蛋白和肌动蛋白 肌肉的构成 骨骼肌以及很多非肌肉细胞含有两种形成特有的纤维状或丝状结构的蛋白质：肌球蛋白和肌动蛋白actin 。按生物功能来说它们不是基本的结构蛋白质，它们参与需能的收缩活动。 肌球蛋白myosin