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PIMA:建立一個cDNA微陣列和寡核苷酸微陣列的整合平台網站 PIMA:Building a web-based Platform for Integration of cDNA and oligo Microarray Data 陳彥臣、陳宇瑄、邱泓文、李元綺Yen-Chen Chen, Lillian Y. Chen, Hung-Wen Chiu, Yuan-Chii Gladys Lee 臺北醫學大學醫學資訊研究所Graduate Institute of Medical Informatics, Taipei Medical University 摘要 目前網際網路上，有許多公開免費的微陣列數據資料庫可供人研究。因技術不同分為cDNA和寡核苷酸微陣列，整合兩種微陣列的數據，可增加對實驗結果的可信度，得到更完整的資訊。PIMA是一個線上的整合平台，提供cDNA 和基因表現的對照資料LocusLink為Identier建立的資料建立關聯性。、PIMA, cDNA, affymetrix. Abstract Nowadays, many microarray databases can be accessed freely for research on the Internet. Since microarray can be categorized into either cDNA or oligo microarray, it is important to integrate the two different types of datasets in order to increase the reliability of the experimental results. PIMA is a newly developed microarray integration platform that will provide comprehensive gene expression information on both cDNA and oligonucleotide microarray via LocusLink as the identifier to build microarray relationship. Automatically update of the microarray data information will also reduce the workload in performing microarray data mining process. Keyword: Microarray, cDNA, oligo, affymetrix, data mining, integration. Introduction: 微陣列生物晶片(Microarray)技術，是種能同時測量數千個基因表現的技術，用微陣列生物晶片(Microarray)來測量各物種的基因表現，是近幾年來十分熱門的。尤其是在研究與疾病相關的議題上，微陣列生物晶片的大量使用，對於疾病的分類、診斷、預測有極大的貢獻。但是由於使用微陣列生物晶片(Microarray)的成本較高，非一般實驗室可輕鬆負擔，而且 Microarray 的實驗數據有很高的重複研究利用的價值，因此有許多致力於Microarray Data的收集管理與制訂標準化的的資料交換格式 (MIAME: Minimum information abut a microarray experiment）[1-2]The Microarray Gene Expression Data (MGED) Society所制訂的MAGE-ML (Micrarray Gene Expression-Markup Language)格式來存放 Microarray Data 為共同的標準，並且公開散佈在網際網路上，例如：EBI的ArrayExpress[]、Stanford的SMD(Stanford Microarray Database)[]、NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus) []、密西根大學的ONCOMINE [] .耶魯大學的YMD [] 等。 Microarray Gene Expression 測量技術，本身又分為兩種技術，一種是cDNA Microarray 為一般Home made所採用，另一種是oligonucleiotide Microarray 由Affymetrix [9] 所研發，兩種技術的原理同，但差別在晶片上的序列長短不同，計算表現量的方式也不同，各有優點。因此，如果能把這兩種技術所得到的結果拿來一起比較