格子区组设计及在DNA库筛选中的应用.pdfVIP

摘 要 在分子生物学里，群试是一个实验设计的基本工具．例如，用来有效的 在DNA库中筛选出包含某些特定因子的正的克隆。格子区组设计正是诞生于此， 区组就是一个r×c的格子．我们把每个格子的每一行和每一列分别看成一次测 试，把每一个要测试的克隆放在行和外盼交点，这大大减少了实验的次数以及节省 了所需的时间．正是因为格子区组在DNA库筛选中的高效率性和方便性，使得越 来越多的人对它感兴趣，从而对它进行广泛地研究． 本文主要用组合设计中的方法来研究格子区组．我们主要考虑了三种不同大小 的格子区组，即(r，c)∈{(2，5)，(3，4)，(4，4))．对这三种不同大小的格子区组，我们 所做的工作以及得到的结果主要是以下三点． 1．当r=2和c=5时，我们根据TXC的格子区组存在的嵇要条件，得到D2。5(凰) (其中u表示需要测试的总的点数)存在的必要条件是口i1(rood25)．为了证 明这个曲要条件也是充分的，我们首先用组合设计中的直接构造中的方法， 主要是差方法，找到了为了证明充分性所必需的一些小的格子区组设计．然 后我们再用组合设计中的递归构造中的方法，主要是Wilson基本构造方法， 并结合这些小的设计证明了充分性．因此，我们得到结论：D2。5(虬)存在， 当且仅当口三1fmod 25)． 2．当r=4和c=4时，我们得到D4x4(凰)存在的必要条件是口兰1(rood96)． 为了证明当三1(rood96)时，对每一个满足这个条件的v，D4。4(虬)都存 在，我们也是用和(1)中类似的方法首先借助计算机用回溯算法找到一些蓝要 的小的格子区组设计，然后再用组合设计中的递归方法并结合这些小的设计 证明充分性．因此，在这里我们可以得到这样一个结论：D4。4(凰)存在，当 且仅当三1frood 96)。 3．当r=3和c=4时，我们也是先得到格子区组设计存在的必要条件．这个条件 是三1，16，21，36(rood 60)．由于这个条件比较复杂，我们分情况进行了讨 论．对u兰1，21(rood60)的情况，我们也应用与上面类似的方法证明了这 个条件是充分的．对v剩下的情况，也就是当三16，36(rood60)时，我们 在论文中给出了证明的构造方法．在这种构造方法中，我们所需要小的辅助 了当u=305151时，I)3。4(j乙)的存在性还在继续研究外，其他值相应的格子 区组设计的存在性都得到了证明．特别时于=36和=76这两个值，我们拇 造时用到的方法与我们前面构造小设计时用到的方法不同，前面我们构造小 的设计时，都是基于完整的轨道和Abetian群的，但对于这两个值我们是用短 轨道和非Abelian群进行构造．这也是本文的一个创新之处． 以上三点就是本论文的主要结果．当然，有些结果还是可以改进的．比如， 中．或许我们可以试着采用更加微妙的模式和更加高效率的算法来得到这个格子区 组的存在性．当然，我们也可咀用别的梅造方法来证明u三16，36(mod60)这个 必要条件是充分的．最后，为了更好的提高格子区组在DNA库筛选中的效率，我 们可以采用更大规膜的格子区组，也就是使r和C变大．当然，随着规模的变大，存 在性证明的困难性也会增强，这需要我们进一步的研究和探讨． 关键词：差方法， Wilson基本构造，可分组设计， 成对平衡设计， 正交表， 完全多部图 Abstract Combinatorial isabasictoolin oftests grouptesting conductingexperiments whichcanbe tomolecular DNA biology．Forexample，inlibrary applied screening， isusedtoselect clones cloneis