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测序芯片中的高度分子点阵的图像处理.pdf
摘要
论文题目 测序芯片中的商密度分子点阵的图像处理
作者姓名 钱lE瑛
导师姓名 陆祖宏教授
学校名称 东南大学
随着人类基因组计划的完成,DNA铡序开始发挥其重要的作用。传统的测序方法有:板凝胶电
泳法和毛细管电泳法;新一代的测序方法有:杂交测序,合成测序和单分子测序。如何能够快速、
准确、高通鼍的实现DNA测序是将来研究的重点。基冈芯片与DNA测序的结合,使得以上这些要
求都将成为可能,而且可以大人降低成本。我们采_L}】滚环扩增方法制备测序模板,然后通过合成测
序的方法进行DNA序列的检测。
在对测序芯片的研究过程中,需要生物信息学的分析,生物芯片图像处理即是这个过稃中的一
个重要部分。特别是对于不同生物芯片上的人晕分子特征荧光点进行识别、分析和配准,将特征点
的灰度信患联合起来。就可以得到待测DNA的序列。
本文主要针对芯片I璺|像分析中的算法进行研究,对测序芯片的图像处理,对分子特征荧光点进
行识别、分析和配准。主要研究i.作分为二个方面:
(1)对芯片图像上特征点的提取,这里研究了两人类方法:边缘提取和阈值分割,在不同的
芯片图像中采用不同的特征点提取的方法。边缘提取方法主要研究四种经典算子:
设定闽值的情况F,四种算法都不能有效的提取我f『J所处理的测序芯片中的特征点,对
丁-不同闽值F的提取效果,这里采用了方筹分析作为判断标准,最后采HJ
Canny算子提
取图像特征点。对丁.边缘提取算法不适合的豳像,采_LIj直接闽值分割的方法,这里的阈
值采用迭代闽值的方法进行计算,并且发现将图像分割为若干子图像再进行直接闽值分
割更为合适:
(2)对幽像的特征点提取以后,计算图像特征点的质心,也就是特征点的灰度中心,作为特
征点的唯一标识;
(3)由于测序是个动态过程,冈此需要对一系列幽像进行配准,这里采Hi了互信息配准的方
法,此方法不需要考虑整个斟像中每个点的轮廓外删管信息,只需要考虑整个图像的灰
度信息,这对丁-我们所处理高密度点阵图像比较合适,这里将图像进行平移旋转,计算
待配准图像与I州定图像之间的互信息值,从中得到最佳的互信息值,也就是最匹配的变
化。
关键词:生物芯片,DNA测序,图像处理
Abstract
in MoleculeLatticeofGenome
Thesis Sequencing
title:ImageProcessingHighDensity
Chips
Graduatestudent
name:QiallZhengying
name:Prof.Lu
Supervisor Zuhong
Schoolname:Southeast
University
an roleinthe ofhuman
Genome has genome
sequencingplayedimportant completion
traditionalmethods include:Slab
project(HGP).The ofgenomesequencing gel
newmethods
Capillaryelectrophoresis(CE).Andrelatively
electrophoresis(SGE)and
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