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中L“大学研究生论文 Bim启动子的调控及生物信息学分析 Bim启动子的调控及生物信息学分析 专 业：生物医学工程 硕士生：马驰 指导老师：袁衡新副教授 黎明涛教授 摘 要 1．神经元凋亡通路及实验中我们的问题 神经元凋亡通路大致可以分为两类：内在通路(线粒体依赖的凋亡蛋白酶通 路)及外部通路(受体．穿孔素／粒酶通路)。BCL2家族成员在调节凋亡内在通路 中发挥重要作用。BCL2家族成员可以分为抗凋亡蛋白质和促凋亡蛋白质两大类； Bim(Bcl．2 Mediatorofcell Interacting death，Bim)是BCL2家族成员中重要的促调 亡蛋白质，在神经元及非神经元凋亡过程中发挥重要的作用。 大量研究发现Bim基因在多种类型细胞的凋亡过程中表达上调。目前研究 通路中的转录因子c．Jun在Bim基因表达上调中发挥重要作用。 neurons． 我们的实验结果显示低钾诱导的小脑颗粒神经元(eerebellar granule cGNs)凋亡模型中Bim蛋白质诱导表达增加，但同时发现上述两条已报道的通路 并不介导低钾诱导的小脑颗粒神经元凋亡模型中Bim的诱导表达。于是我们提 的表达上调。由此研究中我们面临这样的难题，是什么转录因子介导了Bim基 因的表达上调? 中山大学研究生论文 Bim启动子的调控及生物信息学分析 2．解决问题的方法 解决这个问题通常我们根据坚实的相关专业知识，提出可能的转录因子，逐 个研究分析。但是这种做法存在较大的盲目性和偶然性，研究时可能会费时、费 力。生物信息学的出现为我们提供了一个较合理的解决问题的方法。生物信息学 是-I1新兴学科，随着基因组计划的进展而发展壮大。它储存、处理、分析大量 的生物数据序列及结构资料并从中得到有意义的信息，为生物学研究做出一些预 测，提供可能性。生物信息学为基因调控的研究提供了一个新的方法一转录因子 DNA结合位点预测分析。通过分析启动子区域序列找到可能的转录因子结合位 点，进而找到可能参与基因调控表达的转录因子，为进一步的实验指明方向。 3．转录因子数据库的建立 转录因子在基因的表达调控过程中起了重要的作用，转录因子及其DNA结 合位点的研究也成为生物信息学的一个热点。随着实验数据的大量积累，多个转 录因子数据库应运而生，上个世纪九十年代出现了国际著名的转录因子数据库 录转录因子记录4219条，包括了转录因子相关信息、位点序列、转录因子结合 序列矩阵等多方面信息。转录因子结合位点序列的丰富积累使转录因子DNA结 合位点得以合理的描述，进而开发出多种转录因子结合位点预测分析的算法和工 具。 4．转录因子DNA位点描述方法 方法及Hidden 一位鬣所有可能出现的碱基；而Profile不仅描述每一位置可能出现碱基的种类， 而且指出每一碱基出现的可能性大小。显然使用Profile描述方法比使用Pattern 描述包括更多的信息因而也更准确。但是Profile描述方法也存在很多的不足， 它只是对每一位置分别进行研究而没有考虑相邻碱基之问的关系，由此人们又找 方法考虑了前后碱基间的关系，是闷前最准确的位点描述方法。使用这些位点描 中山大学研究生论文 Bim启动予的调控及生物信息学分析 述方法已开发出多种阻数据库为依托的转录因子DNA结合位点预测工具。 5．序列为基础的转录因子结合位点预测工具 Markov模 使用的是Profile方法，由于构建每一转录因子DNA结合位点Hidden 型需要较多的序列信息，而且使用Hidde