DNA图谱分析算法和软件的研究.pdfVIP

浙江大学硕士论文 y876577 摘要 人类基因工程的一个重要目标是发展自动化、高速的DNA测序技术。目前主要采用 荧光标记的毛细管电泳DNA测序。由于环境噪声、染料激发光谱重叠、电泳展宽效 染料迁移率漂移等因素的影响，造成DNA图谱的信噪比和分辨率下降，不利于碱基 ，需要对原始图谱做必要的处理。本论文主要研究了DNA图谱处理的算法，并设计 应的软件。软件主要功能包括DNA图谱的预处理、四色校正、后处理三个部分。 首先，软件对DNA图谱做预处理。预处理包括数据段选取、基线调整、噪声滤除、 识别四个模块：数据段选取删除前段冗余数据；基线调整使得四色荧光信号的基线 一致；噪声滤除去除信号中的脉冲噪声和自噪声；峰值识别选取峰值数据，作为求 忱矩阵的数据。 乓次，软件对DNA图谱做四色校正。四色校正是DNA图谱处理中的重要部分，它解 呻特定波长的荧光亮度到四种荧光团浓度的转换问题。用于标记DNA片段的四种染 殳射光谱有部分重叠，导致四色荧光串扰，需要对原始DNA图谱做四色校正。四色 皂键在于串扰矩阵的求解，主要有峰值法、斜率法、四维空间聚类法。软件实现了 基和四色空间聚类法求解串扰矩阵，通过对DNA图谱做矩阵转换，消除了四色荧光 ￡后，软件对DNA图谱做后处理。后处理包括去卷积、迁移率校正、归一化三个模 ÷卷积等效于展宽效应的逆过程，可以减小峰宽，消除峰的重叠，提高了四色峰的 §；迁移率校正调整四色峰的相对位置，使得四色峰谱分布均匀；归一化使得四色 i度基本一致，提高了图谱的视觉效果。 {A图谱处理改善了DNA原始图谱的质量，为后续的碱基排序做准备，有利于实现 现了预期的目标。 ：DNA图谱、荧光浓度、预处理、四色校正、后处理 浙江大学硕士论文 Abstrac七 isthe Oneofthe oftheHumanGenome deVelopment important Project goals of for DNA Thefour automated， sequencing． dye technologies high—speed DNA isthemost fluorescencebased electrophoresissequencing widely capillary DNA DNA s used to 电utomated chromatogram’ approach sequenceanalysis． andres01utionaredecreasedas theinfluenceof signal—to—noise—ratio eTnission offour environmental dyes， noise，substantiallyoverlappingspectra soon． TherawDNA zone