南海颗粒有机物溶解有机物宏蛋白质组学研究.pdf

摘 要 海洋有机物(包括颗粒和溶解有机物)是全球最大的碳库之一，在全球碳循 环中发挥着非常重要的作用。海洋有机物的来源、组成和降解及保护机制研究对 深入了解海洋碳的生物地球化学过程和全球气候调节具有重要意义。 本论文将鸟枪蛋白质组学方法应用于海洋有机物研究领域，建立了海洋有机 物宏蛋白质组学研究方法，并结合生物信息学分析，比较研究了南海不同站位和 不同水层颗粒和溶解有机物的蛋白组成特征，筛选、确认了与海区、水层生物组 成特征相关的蛋白质生物标志物，揭示了海区颗粒和溶解性蛋白的生源性来源、 分子功能、生物学过程以及蛋白的再矿化和抗降解机制。主要研究结果如下： (1)优化了海洋颗粒有机物蛋白提取方法，并运用鸟枪蛋白组学技术对颗粒 蛋白进行了鉴定，从南海海盆区41m水层颗粒有机物中鉴定到737个蛋白，其 中184个为两个或两个以上肽段匹配的高可信度蛋白，如光合作用蛋白，转运蛋 白，分子伴侣和孔蛋白(porins)等。除一些未知功能蛋白外，尚有相当数量的 新蛋白也被检测到，这部分蛋白大约占总鉴定蛋白的30％。海洋颗粒有机物中大 量、高可信度蛋白的成功鉴定证明鸟枪蛋白组学方法可应用于海洋颗粒蛋白的研 究，为海洋有机物宏蛋白质组学研究提供了理论依据和技术支撑。 (2)运用鸟枪蛋白质组学技术比较研究了南海上层(41m和200m)和中层 (500 m和1000m)颗粒有机物宏蛋白质组。从四个水层颗粒有机物中，一共鉴 定到3035个一个或一个以上肽段匹配的蛋白，其中505个是两个或两个以上肽 段匹配的高可信蛋白。蓝细菌是整个水柱颗粒蛋白的最大贡献者，而甲壳类动物 和甲藻是200m水层颗粒蛋白的两个主要贡献者。41m和200m水层颗粒蛋白 的亚细胞定位和生物学过程显著不同：41m水层含有丰富的光合作用相关蛋白， 而微管蛋白和肌动蛋白则在中层积累，特别是在200m水层。孔蛋白(Porin)、 ATP合成酶、营养盐转运蛋白、分子伴侣和胞外酶在颗粒有机物中被频繁检测到， 但它们在整个水柱内呈现出不同的分布模式，揭示在不同水层颗粒有机物中或者 在颗粒有机物下沉过程中，发生了复杂的生物地球化学过程。上层和中层颗粒蛋 白的来源不同，参与细胞代谢、能量产生和转运功能的蛋白的数量和丰度随水深 迅速减少。浮游动物“粪便打包”和膜的“包裹”作用可能在颗粒蛋白的保护中 起着重要作用。 (3)运用鸟枪蛋白质组学技术比较研究了来自南海表层(10m和75m)和深 海(3000m)溶解性有机物宏蛋白质组。三个溶解性有机物中，一共鉴定到182 个蛋白，它们被286个专一肽段所匹配。大分子溶解有机物(LDOM，0．2)tm．0．7 kD。0．2 I,tm)组份中的蛋白数量要显著高于小分子溶解有机物组份(SDOM，5 I．tm)。表层和深海SDOM的蛋白数量之间没有明显的差异。表层DOM中溶解 性蛋白的来源多样，包括各种类型的细菌、浮游植物和卵菌类，而古生菌、变形 菌和某些浮游植物类群是深海DOM的主要贡献者。参与细胞骨架组织、能量产 生和转化、蛋白翻译后修饰、蛋白更新和再折叠的蛋白在表层LDOM丰度相当 高，而参与蛋白合成相关蛋白在深海LDOM中更加丰富。参与物质转运和代谢、 mLDOM中相当 细胞壁或细胞膜或被膜的生物发生以及光合作用相关蛋白在75 m 丰富。参与氨基酸转运和代谢的ABC转运蛋白是10SDOM中最丰富的蛋白， m和 3000mSDOM中丰度最高的蛋白。在海洋垂直剖面上，溶解性蛋白的来源多样 化并旱现动态的变化，每个水层都具有自己独特的蛋白，仅有非常少量、来自表 层的溶解性蛋白能够被保护并输送到深海。 (4)运用鸟枪蛋白质组技术结合全球采样组合蛋白数据库比较研究了南海陆 kD．0．2 架和海盆表层小分子溶解性有机物(5 Ilm)宏蛋白质组。从四个表层溶 解性有机物中鉴定到806个蛋白，它们被1477个专一肽段(