大白菜自交衰退基因组甲基化关系研究.pdf

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2016-01-30 发布于四川
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大白菜自交衰退基因组甲基化关系研究

目录目三王 IUllI II II lUIIIIIIII 111 曰承 Y2771606 摘要………………………………………………………………………………………………I 英文摘要………………………………………………………………………………………．．III 1前言…………………………………………………………………………………………．．1 1．1研究目的与意义…………………………………………………………………………．1 1，2文献综述…………………………………………………………………………………．．1 1．2．1自交衰退的研究现状…………………………………………………………………1 1．2．2大白菜叶球形成的研究进展………………………………………………………．．2 1．2．3DNA甲基化的研究进展……………………………………………………………．4 1．2．4 1．2．5转录组测序…………………………………………………………………………一8 1．3主要研究内容……………………………………………………………………………9 1．4本试验技术路线．．．………………………………………………………………………10 2材料与方法…………………………………………………………………………………．．11 2．1试验材料…………………………………………………………………………………ll 2．1．1植物材料……………………………………………………………………………11 2．1．2分子生物学及生化试剂……………………………………………………………一ll 2．1．3主要试验仪器………………………………………………………………………1l 2．1．4试验软件……………………………………………………………………………．．11 2．2试验方法………………………………………………………………………………．12 2．2．1大白菜自交衰退前后结球性状调查………………………………………………．12 2．2．2植物材料的处理、取样……………………………………………………………．12 2．2．3酶联免疫法检测激素含量…………………………………………………………．12 2．2．4基因组甲基化测定…………………………………………………………………13 2．2．5转录组测序…………………………………………………………………………14 2．2．6基因组甲基化与转录组联合分析…………………………………………………．16 2．2．7候选相关基因qPCR检测…………………………………………………………．17 3结果与分析…………………………………………………………………………………20 3．1大白菜自交衰退前后结球性变化………………………………………………………20 3．2大白菜自交衰退前后内源激素的变化…………………………………………………．20 3．3大白菜自交衰退前后基因组甲基化变化………………………………………………21 3．3．1DNA提取质量与检测………………………………………………………………21 3．3．2测序数据分析………………………………………………………………………22 3．3．3深度和覆盖度分析…………………………………………………………………．25 3．3．4全基因组甲基化数据分布趋势……………………………………………………28 3．3．5全基因组DNA甲基化图谱………………………………………………………一32 I 万方数据东北农业大学农学硕士学位论文 3．3．6差异性甲基化区域(DMRs)分析………………………………………………一33 3．4大白菜自交衰退前后转录组测序………………………………………………………36