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中国科技论文在线 RNA 芯片探针杂交效率的影响因素分析1 严国权，郭江峰，丁先锋 浙江理工大学生命科学学院生物工程研究所，杭州 （310018 ） E-mail: yanguoquan022@163.com 摘 要：对加强型绿色荧光蛋白（EGFP ）RNA 序列进行覆瓦式探针设计，制作了原位合成 芯片，研究探针/靶序列杂交双链 ΔG 、Tm、靶序列二级结构和探针末端碱基因素对芯片杂 交信号值的影响。结果表明，相同ΔG 和Tm 值的探针/靶序列杂交双链的杂交信号值存在较 大差异，探针/靶序列杂交双链ΔG 和Tm 值对芯片杂交信号值影响没有明显的规律性；表征 靶序列二级结构信息的探针PT-sc 参数与芯片杂交信号值间呈较好的线性关系；探针5’末端 碱基组成对芯片杂交信号值也有影响，5’末端碱基为G/C 的探针杂交信号值总体上高于其邻 近的5’末端碱基为A/T 的探针的杂交信号值。 关键词 覆瓦式探针；RNA 芯片；二级结构；探针/靶序列杂交双链 在分子生物学研究中，生物芯片因其高通量的优点在研究基因的