基于结构比对的蛋白结合位点预测方法.pdfVIP

2015年 第 24卷 第 10期 http：／／www．c-S-a．org．ca 计 算 机 系 统 应 用 基于结构 比对的蛋白结合位点预测方法① 刘广钟，朱佳莉 (上海海事大学 信息工程学院，上海 201306) 摘 要：蛋白质通过结合位点与其他分子产生相互作用，所以对蛋白结合位点的预测具有重要的意义．现有许多 不同的预测方法，但是这些方法存在命中率低或计算量大的问题，本文引入了一种基于结构比对的蛋白质位点 预测方法，同时在结构 比对过程中引入同源索引，找出相应的同源模版，并与之进行结构比对，然后将结构相似 的模版中的配体映射到 目标蛋 白质中，采用聚类方法对位点进行分析．结果表明，与其他预测方法相比，本文的 方法降低了计算量，并提高了预测精度． 关键词：结合位点；同源索引；结构比对；聚类 BindingSitesPredictionM ethodBasedonStructuralAlignment LIU Guang—Zhong，ZHU Jia—Li (ShanghaiMartimeUniversity,InformationEngineeringCollege，Shnaghai201306，China) Abstract：Proteinsinteractwith ohtermolecul