四品种小型猪sa-dqa基因外显子2的群体遗传结构和分子进化分析.pdfVIP

摘 要 主要组织相容性复合物(MHC)是目前已知多态性最丰富的基因系统．本研究 主要对4品种小型猪的SLA 并对包含部分第1内含子、完整第2外显子及部分第2内含予在内的约341bp的序列 I I和Alu 进行了克隆测序，目的在于获得完整外显子2便于遗传分析。采用EcoR 两种限制性内切酶对藏猪、合作猪、滇南小耳猪和巴马小型猪4个品种的217头个体 进行了PCR-RFLP分型：经EcoR (O．1106)，B为优势基因(O．7028)，A为劣势基因(0．2972)。经MuI酶切得到3 种带型(MM、MN和NN)，藏猪、合作猪及滇南小耳猪以纯合子MM基因型居多 N为劣势基因(O．3871)。经检验，在两个酶切位点上，华南型和高原型猪种的各基因 型频率差异不显著(P0．05)。就EcoRI酶切位点而言，具体到4个品种中时。AA、 马小型猪、合作猪、滇南小耳猪间差异均不显著(P0．05)。就AIuI酶切位点MM 基因型频率而言，藏猪与巴马小型猪差异显著(Po．05)，而与合作猪、滇南小耳猪 差异均不显著，合作猪、滇南小耳猪、巴马小型猪间差异不显著(PO．05)；对于MN 基因型频率，4品种间差异不显著(PO．05)：对于NN基因型频率而言，合作猪与藏 I和Alu I双酶切的结 耳猪、巴马小型猪、撼猪间差异不显著(PO．05)。综合EcoR I和AluI酶切后共出现9种PCR-RH巾组合带 果分析表明：SLA．DQA基因经EcoR 型，巴马小型猪中存在全部9种组合带型，其余3个猪种仅存在部分组合带型。总体 出现频率最低(O．0277)。经检验：高原型和华南型猪种9种基因型频率差异均不显 著(P0．05)。具体到4个品种中来说：对于AAMM组合基因型，滇南小耳猪与藏猪、 合作猪、巴马小型猪差异显著(P0．05)，藏猪、合作猪、巴马小型猪间差异不显著 (P0．05)；对于BBMM组合基因型，减猪分别与合作猪、滇南小耳猪、巴马小型猪 于BBNN组合基因型，合作猪与藏猪、巴马小型猪差异显著(P0，05)，而与滇南小 I I和Alu 著。经适合性检验，减猪、滇南小耳猪和巴马小型猪的SLA．DQA在EcoR I酶切位点也达到 酶切位点上已经达到了Hardy．Weinberg平衡状念。合作猪在EcoR I酶切位点没有达到平衡状态。 了Hardy-Weinberg平衡状态，但是其在Alu 本试验测定了37条序列，与网上序列比较，本试验共检测到4种新的等位基因 并进行了初步命名，总体平均基因多样度为O．923．总体的平均核督酸多样度为 核苷酸不配对分布曲线为多峰型及Tajima’D中性检验不显著说明4品种小型猪群体 在过去没有经受群体扩张，群体大小保持稳定。 在对各等位基因进行的各种分析的基础上，利用SLA．DQA各等位基因的DNA 序列，通过估算两两之间的遗传距离，基于Klmura双参数模型，以NJ法构建了各 等位基因间的关系树。用NJ法藿建了SLA．DQA基因的系统发育树，巴马小型猪和 滇南小耳猪最先聚类．然后与减猪聚在一枝．最后再与合作猪聚在一起。 关键词：小型猪SLA．DQA基因群体遗传分子进化 andmolecularevolutionof Studiesonthe stru